Contribution a la modelisation du repliement de chaines proteiques par assemblage de structures secondaires alpha et beta rigides

par DENIS ZNAMENSKIY

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de JEAN PAUL MORNON.

Soutenue en 2001

à Paris 6 .

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  • Résumé

    Dans le present travail, l'algorithme capable de generer des modeles 3d de structures proteiques a partir de la connaissance de la nature et de la longueur des structures secondaires et est expose. Des helices sont modelisees par des cylindres et des feuillets par des surfaces helicoidales. Les brins de la structure sont consideres comme une seule structure rigide. Les boucles ne sont pas modelisees explicitement et considerees comme contraintes dynamiques pour des structures secondaires. L'assemblage de structures secondaires est dirige par les centres de leurs faces hydrophobes. Les structures secondaires sont iterativement deplacees pour former un cur hydrophobe compact. L'algorithme, etant exhaustive, rapide et simple, produit un ensemble de bons modeles voisins (c rms par rapport a la structure native est dans 1. 4-3. 7 a), qui peuvent etre traites par des potentiels statistiques utilises dans les approches threading. Dans le premier papier joint, le modele de feuillet est expose. Dans le deuxieme papier joint l'algorithme est developpe. Dans le troisieme papier joint quelques applications sont presentees et le programme est evalue.


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Informations

  • Détails : 122 p.
  • Annexes : 163 ref.

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