Repliements d'adn : variations autour d'un site de coupure preferentiel de la topoisomerase ii

par CHAHRAZADE EL AMRI YERROUM

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de SERGE FERMANDJIAN.

Soutenue en 2001

à Paris 6 .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    La topoisomerase ii module les etats topologiques de l'adn. Elle reconnait et clive notamment les structures en epingles a cheveux. Un site preferentiel de coupure en presence d'agents antitumoraux a ete identifie au sein de l'adn de pbr322. Il contient un segment de 19 paires de bases de symetrie inversee-repetee : w d (5agcttatc atc gataagct 3). C d (5agcttatc gat gataagct 3). L'etude rmn a montre que chacun des brins pris separement adoptait une structure en epingles a cheveux avec une tige a huit/dix paires de bases et une boucle a trois/un residu. Au cours de ce travail de these nous avons analyse l'impact de certains parametres structuraux sur la stabilite et la conformation des boucles a l'aide des spectroscopies uv, de dichroisme circulaire, et de rmn utilisant comme modele simple brin d'adn d (5agcttatc xxx gataagct 3), ou xxx = gac, cag, at(l)c (thymidine centrale de configuration l). Nous avons evalue l'equilibre critique (dependant de la concentration en oligonucleotides) entre la forme en epingles a cheveux et la forme en duplex par la mesure des coefficients de diffusion translationnelle. Ceux-ci indiquent qu'aux concentrations de la rmn (mm) les adns contenant gac et at(l)c se replient en epingles a cheveux. Tandis que l'oligonucleotide cag forme un duplex avec un mesappariemment a. A en son centre. La modelisation montre que : (1) gac adopte une boucle a residu unique fermee par une paire de bases watson-crick distordue totalement atypique longtemps consideree comme steriquement impossible ; (2) at(l)c est hautement flexible ce qui s'explique par l'abolition du mesappariement a. C caracterisant atc. Une simulation de dynamique moleculaire de 5 ns en eau et ions explicites sur le duplex cag a revele une dissymetrie de mouvements autour du mesappariement a. A central mais dans ce cas particulier d'autres simulations sont necessaires pour confirmer cette propriete.


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Informations

  • Détails : 245 p.
  • Annexes : 257 ref.

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Disponible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 2001
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