GeMME, une interface modélisant la cartographie comparée des mammifères : application à l'étude de la régionalisation des génomes de l'homme et de la souris

par Bruno Spataro

Thèse de doctorat en Sciences

Sous la direction de Christian Gautier.

Soutenue en 2001

à Lyon 1 , en partenariat avec École Doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation (autre partenaire) .

Le jury était composé de Christian Gautier.


  • Résumé

    L'organisation de l'information génétique le long des génomes de mammifères est fortement structurée. Certaines de ces structures sont clairement identifiées bien qu'encore mal comprises (isochores, bandes cytogénétiques) mais d'autres restent à explorer. L'établissement de cartes génomiques, permettant de localiser précisément les éléments porteurs de l'information génétique, et notamment les gènes, est une étape indispensable pour la mise en évidence et la compréhension des phénomènes à l'origine de la mise en place et du maintient de ces structures. Les méthodes de cartographie génomique sont nombreuses et les unités utilisées ainsi que le niveau de précision atteint dépendent des espèces étudiées et des objectifs poursuivis. L'approche comparative, grâce à la mise en parallèle de cartes d'origines et d'espèces différentes, peut apporter des éléments de réponse, à condition que les outils adaptés soient disponibles. GeMME est une interface développée dans le cadre d'un vaste projet autour de la cartographie génomique des mammifères, s'appuyant sur une base de connaissances développée en parallèle et regroupant des informations relatives à la cartographie mais aussi aux séquences, à l'expression et aux relations d'homologie pour les gènes de l'homme et la souris. GeMME permet l'interrogation de la base en fonction de critères biologiquement pertinents, la visualisation des données ainsi que leur analyse grâce à des outils statistiques intégrés. L'utilisation de GeMME nous a permis de confirmer la structuration des génomes aux niveau chromosomiques et cytogénétiques, mais aussi l'existence de structures régionales (isochores, tachychores) et le rôle particulier joué par les régions télomériques. Les relations existant entre les paramètres structuraux, fonctionnels et évolutifs sont difficiles à appréhender, mais cette étude montre que la prise en compte de la composante spatiale s'avère indispensable dans l'analyse des génomes et de leur évolution.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (191 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 177-191

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  • Bibliothèque : Université Claude Bernard (Villeurbanne, Rhône). Service commun de la documentation. BU Sciences.
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