Identification d'un opéron phase variable chez "Pseudomonas brassicacearum" NFM421, effet de "Pseudomonas brassicacearum" NFM421 sur le transcriptome partiel d'"Arabidopsis thaliana" écotype WS par la technique des filtres à haute densité

par Philippe (1971-.... Chabeaud

Thèse de doctorat en Génétique microbienne

Sous la direction de Wafa Achouak.

Soutenue en 2001

à Aix-Marseille 1 .


  • Résumé

    Pseudomonas brassicacearum nfm421 est une rhizobacterie isolee de racines d'arabidopsis thaliana cultivee sur differents sols. Elle represente l'une des populations dominantes fermement attachees aux racines de cette plante. Cette espece, comme beaucoup d'autres especes bacteriennes associees aux plantes et aux animaux, se caracterise par l'apparition d'une variation de phase. Les variants de p. Brassicacearum nfm421 (cellules en phase ii) apparaissent en bordure des colonies formees par les cellules en phase i, sur milieu de culture. Les colonies formees de cellules en phase ii sont lisses, non muqueuses sans activite proteasique et lipasique, contrairement aux colonies de la phase i, et beaucoup plus grandes que celles en phase i. D'une part, pour essayer d'elucider le mecanisme de variation de phase, nous avons realise une banque genomique des cellules en phase i. Le criblage de la banque par differentes sondes, nous a permis d'isoler un operon contenant les genes codant la protease, la lipase, un homologue aux serines proteases et le systeme de secretion de type i. L'etude par fusion transcriptionnelle entre le promoteur du gene apra et le gene lacz a mis en evidence la non transcription de cet operon chez les cellules en phase ii ; cela suggerant l'intervention d'un element regulateur. D'autre part, nous avons egalement etudie l'effet de pseudomonas brassicacearum nfm421 phase i et ii sur le transcriptome partiel d'arabidopsis thaliana par la technique des filtres a haute densite. Les premiers resultats ont montre que certains genes etaient actives par les cellules en phase i alors que d'autres etaient reprimes par les cellules en phase ii.


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  • Détails : [212] p
  • Annexes : Bibliogr.: p. [ 159-179]

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