Analyse exploratoire des génomes bactériens

par Eduardo Pimentel Cachapuz Rocha

Thèse de doctorat en Génétique cellulaire et moléculaire

Sous la direction de Antoine Danchin.

Soutenue en 2000

à Versailles-St Quentin en Yvelines .


  • Résumé

    Cette thèse porte sur l'analyse exploratoire in silico des génomes bactériens et plus particulièrement sur plusieurs aspects de l'organisation et de l'évolution des chromosomes bactériens. Le mémoire est divisé en quatre parties. La première vise à réaliser un état de l'art des récents développements de la génomique et de l'apport de la bio informatique à la recherche en microbiologie. La deuxième partie concerne notre travail sur la structure des chromosomes bactériens. Nous avons établi plusieurs règles concernant l'organisation des chromosomes bactériens, et plus particulièrement la distribution et la disposition relative des gènes au long du chromosome. Nous y décrivons également les biais associés à la traduction chez bacillus subtilis, en relation avec l'usage du code, l'usage des oligonucleotides et des aminoacides et la stabilité de la structure du messager. Nous avons également étudié les biais associés à la réplication dans plusieurs génomes et nous sommes arrivés à la conclusion que ces biais sont qualitativement ubiquistes dans le monde bactérien. La troisième partie de cette thèse concerne l'étude de l'évolution des chromosomes bactériens. Nous commençons par décrire la distribution de longues répétitions dans les chromosomes bactériens et leur rôle possible dans la dynamique des génomes. A la suite de ce travail nous proposons un modèle de transfert horizontal de l'ADN (sans homologie) pour les bactéries compétentes. Enfin, nous décrivons une étude de la distribution des sites de restriction dans plusieurs génomes de phages et de bactéries. Cette étude nous a amené à soutenir l'hypothèse parasitaire pour les systèmes de restriction par opposition à l'hypothèse de défense communément admise. Enfin, le mémoire se termine par la description des méthodologies mathématiques et informatiques les plus importantes mises en oeuvre dans l'ensemble de ces travaux, notamment l'identification de mots biaisés, l'identification de répétitions longues et l'analyse discriminante linéaire.

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Informations

  • Détails : 272 f.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 450 ref.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines. Direction des Bibliothèques et de l'Information Scientifique et Technique-DBIST. Bibliothèque universitaire Sciences et techniques.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 576.5 PIM
  • Bibliothèque : Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines. Direction des Bibliothèques et de l'Information Scientifique et Technique-DBIST. Bibliothèque universitaire Sciences et techniques.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : T000001
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