Etude de la specificite de colonisation racinaire du ble par pseudomonas fluorescens pf29a, antagoniste de gaeumannomyces graminis var. Tritici, l'agent du pietin-echaudage

par ALAIN CHAPON

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de ALAIN SARNIGUET.

Soutenue en 2000

à Rennes 1 .

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  • Résumé

    L'accroissement des populations de p. Spp. Fluorescents observes au champ sur le rhizoplan du ble est souvent associe au declin du pietin-echaudage du ble. Le declin du pietin-echaudage constitue un processus naturel de reduction de l'impact au champ de cette maladie causee par le champignon gaeumannomyces graminis var. Tritici (ggt). Cette reduction de maladie est associee a la colonisation racinaire du ble par des souches de p. Spp. Fluorescents antagonistes de ggt. La souche de p. Fluorescens pf29a appartient a un groupe d'homologie rep-pcr dont l'extension est liee a la presence de necroses racinaires. Cette souche est antagoniste de ggt in situ. Le suivi specifique de pf29a avec un marqueur rapd a demontre que la presence de ggt stimulait fortement et specifiquement la colonisation du rhizoplan par la souche pf29a lorsqu'elle est introduite dans un sol non sterile. Pf29a presente egalement un fort potentiel de colonisation du rhizoplan en absence de ggt et de necroses. L'etude du nombre et de la diversite des profils rapd observes pour les communautes indigenes de p. Spp. Fluorescents du rhizoplan nous ont permis d'evaluer l'effet de pf29a et de ggt sur la structure et la diversite de ces communautes. L'introduction de ggt dans le sol entraine une modification des structures et de la diversite des communautes indigenes de p. Spp. Fluorescents. L'introduction de pf29a, uniquement en presence de ggt, accroit fortement cette selection. La souche pf29a selectionne en synergie avec ggt, les p. Spp. Fluorescents indigenes. Une relation atypique est mise en evidence entre la dose de pf29a introduite dans le sol et la reduction de la gravite du pietin-echaudage. Les modeles exponentiels negatifs bases sur des experimentations dose-effet ne peuvent tenir compte d'un plateau et d'une asymptote de reduction de maladie observes pour pf29a. Ce plateau et cette asymptote suggerent l'existence de plusieurs modes d'action de pf29a, soit actives par une dose seuil, soit renforces a partir d'une certaine densite bacterienne. En outre, pf29a stimule la croissance du ble. La dynamique de colonisation de pf29a sur le rhizoplan du ble est similaire pour deux doses correspondant au debut du plateau et de l'asymptote. Un fort accroissement des populations cultivables de la souche coincide avec le developpement des necroses de pietin-echaudage observe entre 20 et 25 jours. L'application de la technique scar a un amplifiat rapd specifique de pf29a a permis la synthese d'un couple d'amorces specifiques de la souche. La mises au point d'une technique de pcr semi-quantitative a confirme la faible proportion de bacteries cultivables dans les populations totales de pf29a. Le role important joue par les necroses de pietin-echaudage dans la mise en place de l'antagonisme des p. Spp. Fluorescents contre ggt est confirme par cette etude. Nos resultats soulignent egalement la complexite de l'activite antagoniste de pf29a. La pcr semi-quantitative associee aux amorces scar fournit un outil de quantification directe de pf29a sur le rhizoplan.


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Informations

  • Détails : 105 p.
  • Annexes : 258 ref.

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  • Bibliothèque : Université de Rennes I. Service commun de la documentation. Section sciences et philosophie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TA RENNES 2000/73
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