Sequencage de l'adn par electrophorese : etude des effets thermiques sur la migration

par ZAHIA DJOUADI

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de Marie-Alix Duval.

Soutenue en 2000

à PARIS 11, ORSAY .

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  • Résumé

    Dans le sequencage en slab, les principales causes de l'elargissement des bandes d'adn sont bien connues mais leurs contributions relatives restent peu etudiees experimentalement en raison notamment de la difficulte a decoupler les parts des diffusions laterale et transversale des bandes. Le present travail est une contribution a l'etude des effets thermiques sur la migration dans les gels de polyacrylamide et pour des fragments de taille comprise entre 81 et 720 bases. Cette etude, realisee dans les conditions de tension de migration utilisee en routine, a ete rendue possible grace a une thermoregulation precise des plaques de migration. Notre appareil de mesure permet egalement un suivi de la migration grace a ses quatre points de mesure repartis le long d'une piste de migration. Ainsi, nous avons montre que, contrairement a ce qui est generalement suppose, la mobilite electrophoretique ne reste pas constante durant la migration, signe probable d'irregularites dans les epaisseurs de gel. D'autre part, bien que la resolution augmente avec la longueur de migration, son accroissement est inferieur a celui attendu et atteint des valeurs optimales pour une distance de migration de l'ordre de 40 cm. Pour expliquer cet effet, l'analyse de la largeur spatiale des bandes a conduit a l'hypothese d'une diffusion anormale des fragments d'adn durant leur migration. Pour la mise en evidence des effets de gradients de temperature sur la qualite de separation, nous avons soumis nos deux plaques de migration a des temperatures differentes et etudie les consequences sur la resolution et les elargissements de bande. Nos resultats ont montre une plus forte degradation de la resolution a mesure que le gradient augmente avec elargissement plus important pour les petites tailles que pour les fragments de grande taille. Il s'agit la d'une premiere preuve experimentale de l'effet de ce parametre sur les pertes de resolution et les elargissements de bande.

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Informations

  • Détails : 103 p.
  • Annexes : 72 ref.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TH2014-014672
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