Etude cristallographique de structures de proteines en presence d'agents denaturants

par MICHELE SALEM

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Yves Mauguen.

Soutenue en 2000

à PARIS 11, ORSAY .

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  • Résumé

    La comprehension des mecanismes du repliement et de la denaturation est un aspect essentiel de la chimie des proteines. Elle est indispensable a l'etablissement de ce qu'on appelle parfois le deuxieme code genetique, reliant la structure primaire d'une proteine a sa structure tridimensionnelle. L'interet, suscite par ces processus a ete amplifie par les recentes decouvertes sur les implications medicales que peut avoir le repliement anormale d'une proteine. Bien que les agents denaturants chimiques ne soient pas impliques dans le phenomene de denaturation a l'interieur de la cellule, ils sont frequemment utilises dans les etudes du repliement des proteines, ce qui justifie l'etude de leur mode d'action. Ce travail porte sur l'etude des interactions proteines/agents denaturants a l'etat cristallin. Les travaux ont ete realises sur 2 proteines : la barnase et le lysozyme, en presence de differents agents denaturants : uree, chlorure de guanidium, thiouree, bromoethanol et sds. Afin d'effectuer une etude structurale a haute resolution en presence de fortes concentrations en agents denaturants, les cristaux ont ete prealablement reticules a l'aide du glutaraldehyde. Au total, 7 complexes barnase-agents denaturants et 5 complexes lysozyme-agents denaturants ont pu etre affines a des resolutions comprises entre 1. 6 et 2a. L'analyse de ces structures a permis (i) de montrer que les 2 proteines subissaient peu de modifications structurales pour les concentrations etudiees, et (ii) de determiner les differents sites de fixation de ces agents sur la barnase et le lysozyme, et de caracteriser leurs interactions. Les resultats obtenus montrent que pour les concentrations etudiees les sites de fixation de ces agents sont peu nombreux et tous situes a la surface de la proteine. Les interactions se font principalement via des liaisons hydrogene au niveau de la chaine principale et des chaines laterales polaires ; neanmoins quelques interactions hydrophobes sont observees. Ces resultats sont en accord avec des etudes similaires realisees par cristallographie ou rmn par d'autres auteurs, parallelement a notre travail. Dans le cas de la barnase, nous avons pu comparer nos resultats avec ceux obtenus par dynamique moleculaire sur la denaturation de cette proteine en presence d'uree, et conclure a une bonne correlation.


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Informations

  • Détails : 194 p.
  • Annexes : 136 ref.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TH2014-014517
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