L'arrimage moleculaire sous contraintes rmn : une nouvelle strategie pour l'etude de complexes de haut poids moleculaires

par XAVIER MORELLI

Thèse de doctorat en Physique

Sous la direction de Françoise Guerlesquin.

Soutenue en 2000

à PARIS 11, ORSAY .

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  • Résumé

    La protein data bank possede plus de 11000 structures dont seulement 4% sont des structures de complexes. Deux methodes majeures permettent actuellement de determiner de telles structures. La cristallographie est limitee par l'etape de co-cristallisation tandis que la resonance magnetique nucleaire est limitee par la masse moleculaire des proteines. L'arrimage moleculaire sous contraintes rmn peut etre une alternative a ces limitations. L'exemple du complexe cytochrome c 5 5 3/ferredoxine etant parfaitement integre dans l'approximation des corps rigides (peu de changements conformationnels entre la forme libre et la forme complexee), nous avons marque les deux molecules a l'azote 1 5n afin d'entreprendre une etude de la formation du complexe avec le partenaire (non marque) par rmn heteronucleaire. Nous avons ainsi obtenu le site d'interaction de la ferredoxine (non marquee) sur le cytochrome (marque) et vice-versa. La derniere etape a concerne l'etude de la modelisation de la structure tridimensionnelle par arrimage moleculaire sous contraintes rmn. Nous avons integre un nouveau module permettant d'injecter les valeurs des deplacements chimiques obtenus par rmn heteronucleaire, dans le logiciel bigger. Nous proposons ici un modele tridimensionnel concernant ce complexe d'oxydoreduction. Cette approche ouvre la voie a tous les autres complexes repondant aux conditions d'approximation des corps rigides. Nous avons ensuite applique cette strategie au complexe hydrogenase / cytochrome c 5 5 3 (complexe physiologique de 60 kda) en appliquant une nouvelle sequence d'impulsion de rmn heteronucleaire, le trosy, qui permet de realiser l'etude de complexe a haut poids moleculaire par rmn en diminuant l'effet d'elargissement de la largeur de raie observee. Cette etude a conduit au premier modele structural de ce complexe. Le chemin de transfert d'electron trouve implique la cysteine 10 du cytochrome et la cysteine 38 de l'hydrogenase. La distance heme/fes etant de l'ordre de 12a.


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Informations

  • Détails : 149 p.
  • Annexes : 147 ref.

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  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TH2014-014513
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