Contribution au sequencage et a l'analyse fonctionnelle du genome de schizosaccharomyces pombe

par MARIANNE LUCAS

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de CLAUDE GAILLARDIN.

Soutenue en 2000

à Paris 7 .

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  • Résumé

    Dans le cadre du projet europeen de sequencage du genome de la levure schizosaccharomyces pombe, quatre inserts cosmidiques, spbc19c7 (embl, alo23859), spbc15d4 (embl, alo31349), spcc895 (embl, al035247), spcc1322 (embl, al035259), ont ete sequencees au laboratoire. Ces sequence ont ete analysees au centre sanger a l'aide de logiciels adaptes au genome de s. Pombe. Dans le but de determiner la qualite de l'analyse informatique, les transcrits des cdss predites codant des proteines a fonction inconnue et ceux, eventuels, des regions vides de genes sur les cosmides spbc19c7 et spbc15d4, ont ete visualises par northern blot a l'aide de sondes specifiques. Toutes les cdss predites codant des proteines a fonction inconnue sont transcrites. Par ailleurs nous mis en evidence un transcrit de 1,3 kb en utilisant comme sonde la region vide de genes de spbc19c7. Chaque prediction d'introns faite pour les quatre cosmides a ete testee de maniere systematique par comparaison de la sequence genomique de ces regions a celle obtenues par pcr sur banque de cdna. Si sur les cosmides spbc19c7 et spbc15d4, 4 erreurs de predictions sur 16 ont ete identifiees, aucune erreur n'a ete observee sur les deux cosmides dernierement annotes, spcc895 et spcc1322. Enfin, nous nous sommes interesses a un arnm atypique observe au cours de la visualisation des transcrits des cdss codant pour des proteines a fonction inconnues. En northern blot, les sondes specifiques de spbc15d4. 12c et spbc15d4. 13c hybrident un profil de transcription identique. Une pcr sur banque de cdna avec une amorce specifique interne a chacune de ces cdss a permis d'amplifier une bande unique. La sequence de ce produit revele la presence d'un transcrit episse portant spbc15d4. 12c et

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Informations

  • Détails : 177 p.
  • Annexes : 142 ref.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • Accessible pour le PEB
  • Cote : TS2000
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