Analyse structurale d'une sequence d'adn mar (matrix attachment region) localisee en 5 du gene de l'interferon humain

par SEVERINE LEPORC

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de SERGE FERMANDJIAN.

Soutenue en 2000

à Paris 7 .

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  • Résumé

    Les segments d'adn, appeles mars (matrix attachment region), peuvent se fixer aux proteines de la matrice nucleaire et induire la formation de boucles de chromatine. Ils ponctuent l'adn chromosomique en unites fonctionnelles ou topologiques et se retrouvent souvent a proximite ou a l'interieur de sequences d'adn impliquees dans l'activation de la transcription. La segment mar en 5 du gene de l'interferon humain manifeste une grande facilite a passer de la forme double brin a la forme simple brin. J'ai effectue une etude comparative du site de desappariement dit mar n a t d(ctaatatatttag). D(ctaaatatattag) et de sa version modifiee non-fonctionnelle mar m o d d(ctactgctttag). D(ctaaagcagtag), a l'aide de la rmn et de la modelisation moleculaire, ceci, afin de mieux comprendre a plus long terme l'impact de l'ouverture/fermeture de la double helice mar n a t sur sa reconnaissance par les proteines de la replication et de la transcription. Le desappariement des paires de bases de mar n a t a necessite l'identification de resonances appartenant au simple brin et au duplex dans differents types de spectres rmn puis des experiences de diffusion dediees a la determination des masses. Les donnees (distances inter-protons, angles de torsion) necessaires a la modelisation ont ete d'un nombre suffisant pour mar m o d mais pas pour mar n a t. La double helice de mar m o d est de type b, mais distordue, avec un retrecissement du petit sillon au niveau de l'enchainement d'adenines ce qui est aussi vrai pour mar n a t. Le retrecissement est correle avec un temps de residence long des molecules d'eau dans le voisinage des h2 des adenines. Les temps de relaxation t 1, t 2 et t 1 indiquent que les adenines a3, a6, a8, a16, a20 et a22 de mar n a t et a15 et a16 de mar m o d, sont le siege d'echanges conformationnels importants. Les experiences de biochimie avaient mis en evidence des ouvertures limitees a a4, a6, a8, a20 et a22 de mar n a t.

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Informations

  • Détails : 178 p.
  • Annexes : 235 ref.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
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  • Cote : TS2000
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