Reconnaissance adn-proteine : une etude theorique des mecanismes de la lecture indirecte

par RAPHAEL GURLIE

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de KRYSTYNA ZAKRZEWSKA.

Soutenue en 2000

à Paris 7 .

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  • Résumé

    Lorsqu'on parle de reconnaissance adn-proteine, on distingue la lecture directe (liaisons bases-acides amines) de la lecture indirecte (met en jeu la structure et la flexibilite de l'adn). Cette these s'inscrit dans l'etude des mecanismes de la lecture indirecte. Une attention particuliere a ete portee au role des ponts salins formes entre les acides amines cationiques et les phosphates du squelette polynucleotidique sur les proprietes conformationnelles de l'adn (courbure). L'etude par mecanique moleculaire de deux complexes, cap et hnf3, a mis en evidence une courbure intrinseque des oligomeres d'adn cible. La neutralisation des phosphates, en modifiant cette courbure, a permis a l'adn d'adopter une nouvelle conformation mieux adaptee a l'interaction avec la proteine. Nos travaux ont montre que ces effets sont fortement dependant de la sequence. Grace a l'analyse des modes normaux de vibration, nous avons montre que ces sequences d'adn presentent un profil de flexibilite dont la proteine pourrait tirer parti pour deformer l'adn a moindre cout dans des directions privilegiees, et faciliter ainsi la complexation. En outre, nos resultats indiquent que la conformation et la flexibilite d'un oligomere ne peuvent etre reduites a la somme des contributions de chaque jonction dinucleotidique. Nous avons pu mettre en evidence des caracteristiques et un comportement differents pour les proteines a motif hth des procaryotes pour lesquelles la neutralisation des phosphates n'a pas d'effet notable sur leur courbure, et d'autres classes de proteines pour lesquelles on obtient une courbure voisine de celle du complexe. Par des etudes de deformabilite nous avons pu montrer que la neutralisation des phosphates facilite l'adoption de conformations de basse energie de torsion qui seraient autrement inaccessibles.

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Informations

  • Détails : 187 p.
  • Annexes : 186 ref.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • Accessible pour le PEB
  • Cote : TS2000
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