Recherche Avancée

Thèse soutenue

Études structurales par résonance magnétique homonucléaire et hétéronucléaire, et par modélisation moléculaire de la protéine de régulation Vpr du rétrovirus VIH-1, et de deux de ses fragments, Vpr(1-51) et Vpr(52-96)

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Auteur / Autrice : Karine Wecker
Direction : Bernard Roques
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences biologiques fondamentales et appliquées
Date : Soutenance en 2000
Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

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La protéine de régulation Vpr du rétrovirus VIH-1 est une petite protéine basique de 96 acides aminés, 14 kda, hautement conservée chez VIH-1, VIH-2 et SIV, et présente dans le virus en quantité importante, comparable à celles de gag. Vpr est impliquée dans un grand nombre d'étape de l'infection virale via des interactions avec des partenaires cellulaires ou viraux. Ainsi elle influence la transcription inverse, régule la réplication virale, intervient dans la translocation nucléaire du complexe de préintégration, forme des canaux ioniques dans les membranes lipidiques, stimule la transcription du long terminal repeat et d'autres promoteurs, induit l'arrêt du cycle cellulaire de la cellule hôte, et régule les phénomènes d'apoptose. Nous avons alors entrepris l'étude de la protéine par RMN homonucléaire et hétéronucléaire (15n, 13c), filtration sur gel, dichroïsme circulaire, modélisation moléculaire sous contraintes RMN et relaxation, afin de déterminer la structure 3D de cette protéine, et d'appréhender son mécanisme d'action, et les modes de reconnaissance avec ces différentes cibles. Au vu de la taille de la protéine de régulation Vpr, ce projet a été subdivisé en trois études : le fragment n-terminal (1-51), puis le fragment c-terminal (52-96) et enfin l'étude de la protéine entière (1-96). Nous avons ainsi pu déterminer la structure du domaine n-terminal qui présente un domaine 1-13 flexible, suivi par un motif coude-hélice -coude -hélice -coude. Le domaine c-terminal, quant à lui, s'organise autour d'une hélice (53-78), suivie d'une région flexible (79-96). La protéine entière, est constituée : d'une région n-terminale très flexible (1-13), d'un motif coude-hélice -coude, d'une deuxième hélice, d'une boucle, d'une hélice (55-83) et d'un domaine flexible (84-96). Ainsi, via la détermination structurale de ces deux fragments et de la protéine entière Vpr (1-96), nous avons été en mesure d'expliquer un certain nombre de mécanismes impliquant Vpr.