Influence de l'incorporation de L-nucléotides énantiomériques sur les propriétés conformationnelles et biologiques d'oligonucléotides : application à la sélection d'aptamères résistants aux nucléases

par Fanny Santamaria

Thèse de doctorat en Chimie organique, minérale et industrielle

Sous la direction de Bernard Rayner.

Soutenue en 2000

à Montpellier 2 .


  • Résumé

    Les l-oligonucleotides sont constitues de l-nucleotides enantiomeres des d-nucleotides naturels. Bien que tres resistants aux nucleases, ils ne peuvent pas etre utilises comme agents antisens a cause de leur faible capacite d'hybridation avec une cible nucleique naturelle. Nous avons tente de les utiliser dans une approche aptamere comme ligands stables de l'element tar present dans l'arn viral du vih-1. Le concept d'enantio design a ete utilise afin de contourner les contraintes enzymatiques de la methode selex. Pour cela, nous avons synthetise les l-ribonucleotides necessaires a l'obtention de l-tar, enantiomere de tar, en mettant au point notamment deux syntheses inedites des l-ribonucleotides puriques. Le criblage d'une banque de d-oligodesoxynucleotides n'a pas permis d'identifier de candidats presentant une forte affinite pour l-tar. Nous nous sommes ensuite interesse au proprietes structurales des oligonucleotides incorporant des l-nucleotides. Nous avons introduit deux paires de l-nucleotides dans un duplex adn susceptible d'adopter la conformation z. Des etudes de dichroisme circulaire et de rmn ont montre qu'en presence de 0,1 m nacl les deux paires de l-nucleotides adoptent une conformation z*, image dans un miroir de z, incluse entre deux domaines de forme b. La modelisation moleculaire indique que l'helicite droite est conservee tout le long du duplex et que le groupement 3-oh du l-nucleotide du cote 3 s'oriente de facon favorable pour maintenir la continuite du duplex. C'est pourquoi l'elongation eventuelle, par des adn polymerases, d'une amorce hererochirale portant a son extremite 3 un ou deux l-nucleotide(s) a ete envisagee. Dans cette perspective, nous avons synthetise plusieurs systemes matrice/amorce contenant des l-nucleotides et particulierement un analogue inedit : la 8-methyl-2-desoxy-l-guanosine capable d'induire la conformation z* dans des conditions physiologiques.


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  • Détails : 226 p
  • Annexes : Bibliogr.: p. 195-214

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