Évolution des séquences non-codantes : influence du contexte génomique

par Isabelle Gonçalves

Thèse de doctorat en Sciences

Sous la direction de Dominique Mouchiroud.

Soutenue en 2000

à Lyon 1 .

Le jury était composé de Dominique Mouchiroud.


  • Résumé

    Les génomes de mammifères se caractérisent par une très forte hétérogénéité compositionnelle. Cette structuration en bases G+C conditionne l'organisation et la structure de l'information génétique. Afin de déterminer dans quelle mesure les processus mutationnels (nature des mutations) ont participé à la mise en place des différences structurales intra génomiques, nous avons étudié l'évolution de séquences non contraintes, les rétropseudogènes, insérées dans des différentes régions du génomes humains. Ils sont, en grande majorité, inactifs dès leur insertion dans le génome. Nous avons développé différentes procédures pour acquérir toute l'information liée aux séquences de rétropseudogènes dans les banques de données de séquences nucléotidiques. L'une d'entre elles permet d'identifier les rétropseudogènes dans les grands fragments génomiques non annotés. Nous avons également développé un logiciel, JaDis, dédié à l'analyse comparative de séquences pour comparer les rétropseudogènes aux séquences des gènes fonctionnels. Nos travaux ont montré que les gènes fonctionnels qui génèrent les rétropseudogènes ont des caractéristiques structurales et évolutives particulières. De plus, l'insertion des rétropseudogènes n'est pas aléatoire dans le génome, mais au contraire semble être isopycnique (isopycnique fait référence à l'homogénéité de composition en bases entre la séquence insérée et le site d'insertion). D'après le "pattern" de substitution, les rétropseudogènes présentent un biais mutationnel vers les bases A+T. Ce biais est différent selon le contexte d'insertion du rétropseudogène et aboutit à des fréquences en bases G+C à l'équilibre supérieures pour les rétropseudogènes insérés dans les contextes les plus riches en bases G+C. Les variations de ce biais mutationnel le long du génome peuvent donc expliquer le maintien de la structuration en isochores dans les génomes de mammifères.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (101 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 73-84

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  • Bibliothèque : Université Claude Bernard (Villeurbanne, Rhône). Service commun de la documentation. BU Sciences.
  • Disponible pour le PEB
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