Identification automatique par phenotypie et ribotypie de la flore coryneforme de la surface des fromages

par GWENOLA LEFRESNE

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées. Sciences médicales

Sous la direction de PATRICK A. D. GRIMONT.

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  • Résumé

    La flore bacterienne d'interet technologique de la surface des fromages est actuellement toujours meconnue et aucun outil simple ne permet sa caracterisation. Nos objectifs etaient, pour pallier ce manque crucial, d'acquerir une meilleure connaissance de la flore coryneforme ainsi que de developper une methode d'identification simple et rapide a mettre en uvre. Pour cela, nous avons applique une technique phenoptypique (la galerie biotype 100) et une technique moleculaire (la ribotypie) a une collection originale de 433 souches d'origine fromagere et 83 souches de reference. La classification des profils de ces souches, obtenus par ces deux methodes, a permis la construction de 20 taxons homogenes, qui representent 54% de la collection. Huit souches, caracteristiques des taxons, ont ete ensuite assignees a un nom de genre, grace a l'utilisation de techniques moleculaires, le sequencage de l'adnr 16s et l'hybridation adn/adn. Ainsi, les coryneformes de notre collection sont constitues de 24% d'arthrobacter, 14,5% de brachybacterium, 9,5% de micrococcus, 22% de corynebacterium et 25% de brevibacterium. Parmi ceux-ci, seulement 28% des bacteries sont identifiees au niveau de l'espece, les autres bacteries appartenant vraisemblablement a des especes specifiques du biotope fromage. Nous avons mis en place, a partir des profils et ribotypiques de l'ensemble des souches, des bases de donnees facilement exploitables par un systeme d'identification automatique. Nous avons montre que l'emploi des bases de donnees ribotypiques n'est pas possible directement, car il demande une etape de verification et de calibration inter-laboratoires. Par contre, la base de donnees phenotypiques repond tout a fait aux besoins des laboratoires de routine,


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  • Détails : 136 p.
  • Annexes : 297 ref.

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