Etude conformationnelle de la structure des nucleotide-sucres et de leurs interactions avec des proteines

par PAVLA PETROVA SITKOVA

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de Anne Imberty.

Soutenue en 2000

à Grenoble 1 .

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  • Résumé

    Les glycosylesters des nucleoside mono- ou diphosphates, generalement appeles nucleotide-sucres, servent de donneur de sucre au cours de la biosynthese des oligo- et polysaccharides. Ces molecules jouent donc un role important dans le metabolisme des glucides dans le monde vivant. Le comportement conformationnel des nucleotide-sucres a ete etudie en utilisant les simulations de dynamique moleculaire et la methode d'exploration de l'espace conformationnel cicada associee avec le programme amber. Les modeles ont ete compares avec des methodes experimentales telles que la rmn et la cristallographie aux rayons x. Dans une premiere etape, le champ de force d'amber a ete parametrise pour les nucleotide-sucres. Les parametres supplementaires ont ete obtenus a partir de calculs de mecanique quantique. L'etude conformationnelle de l'udp-glc et du gdp-fuc a ete effectuee par le programme cicada couple avec amber. Elle a permis de definir les differentes familles conformationnelles adoptees par les nucleotide-sucres. L'influence de la concentration des ions monovalents et divalents sur la conformation de l'udp-glc a ete etudiee par des simulations de dynamique moleculaire en presence de solvant explicite. Une serie de simulations a ete comparee avec les donnees rmn (volumes noesy, constantes de couplage). La structure cristallographique du complexe de la -4-galactosyltransferase bovine et de l'udp a servi de point de depart pour la modelisation des interactions entre cette enzyme et un inhibiteur en presence d'un ion magnesium dans le site actif.


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Informations

  • Détails : 205 p.
  • Annexes : 188 ref.

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