Etude de la diversité génétique et des relations taxonomiques au sein du genre Prevotella

par Marie-Laure Combe

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Jean-Louis Pons.

Soutenue en 1999

à Rouen .


  • Résumé

    Depuis une dizaine d'années le genre Bacteroides a subi de nombreux remaniements taxonomiques. De nouveaux genres ont été décrits, Prevotella, Porphyromonas, et le genre Bacteroides a été réduit aux bactéries apparentées à B. Fragilis. Le genre Prevotella, initialement décrit par ses caractères phénotypiques, présente un haut niveau d'homologie des ARNr 16S, bien que l'appartenance au genre de certaines espèces puisse être discutée. Notre travail a consisté en l'évaluation de la diversité et des relations génétiques au sein du genre Prevotella. Pour cela nous avons mis en oeuvre différentes techniques. L'étude des caractères phénotypiques a été réalisée par l'utilisation de galeries API 20A et Rapid ID 32A. Les profils de fermentation ont ensuite été étudiés par la méthode de référence du VPI (Virginia Polytechnic Institute). La mise en oeuvre de ces différentes techniques n'a pas toujours conduit à une identification concordante. Ayant, par ailleurs, mis au point une technique électrophorétique originale d'analyse du polymorphisme enzymatique bactérien, nous avons réalisé l'analyse de neuf loci enzymatiques en MLEE. Une grande diversité génétique et une structure clonale au sein du genre ont ainsi pu être mises en évidence. Un dendrogramme a été réalisé permettant d'apprécier les distances génétiques entre les souches étudiées. L'hybridation ADN-ADN réalisée selon la méthode à la nucléase S1 a permis l'identification de souches appartenant à différentes espèces du genre Prevotella. La confrontation des résultats de ces deux dernières techniques a montré que des espèces comme P. Bivia, P. Buccae, P. Denticola, P. Nigrescens, P. Oris forment des groupes bien définis sur le dendrogramme issu de la MLEE et qui sont en accord avec les homologies ADN. D'autres souches, identifiées comme appartenant aux espèces P. Melaninogenica ou P. Loescheii en hybridation ADN-ADN, ne forment pas de groupes bien définis sur le dendrogramme issu de la MLEE. La MLEE confrontée aux homologies ADN a donc permis de mettre en évidence les relations génétiques à la fois entre les souches d'une même espèce et entre les différentes espèces au sein du genre Prevotella.


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  • Détails : 1 vol. (153 p.)
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  • Cote : 99/ROUE/S064
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