Etude structurale et fonctionnelle de la partie telomerique de la region hla

par NANCY ANDRIEUX

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Francis Galibert.

Soutenue en 1999

à Rennes 1 .

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  • Résumé

    Ce travail decrit l'analyse structurale et transcriptionnelle de deux sous-region du complexe majeur d'histocompatibilite de classe i. Dans la premiere region, telomerique a hla-f, candidate pour le gene de l'hemochromatose, nous avons recherche des marqueurs polymorphes a partir d'une cartographie physique de yac. Un marqueur d'heterozygotie observee de 0. 88 a ete identifie. A partir d'une cartographie physique de pac, nous avons identifie, par capture d'exons 3 terminaux, 44 transcrits differents sur 1200 kb pouvant correspondre a autant de genes differents. La region hla-a, caracterisee par une forte densite en genes et pseudogenes, a ete sequencee sur 356 kb. L'annotation bioinformatique a permis l'identification d'exons et de motifs caracteristiques de la structure des genes par les logiciels xgrail et genefinder, des sequences repetees par censor, prerequis necessaire a l'interrogation des banques de donnees nucleotidiques et proteiques par le logiciel blast. Ce travail decrit l'annotation de la sequence telomerique de 78 kb qui contient, outre les unites de redondance hla, des sequences appartenant aux familles multigeniques mic ou hcg ix. Des sondes correspondant aux exons predits et est ont permis l'identification de 24 transcrits differents par hybridation sur northern blot et la selection des banques d'adnc. L'analyse transcriptionnelle a ete initiee grace a : - des criblages, experimentaux et in silico de banques d'adnc ; - des experiences de rt-pcr a partir de 4 tissus differents. Nous avons confirme experimentalement l'existence de deux exons dits orphelins, d'une structure exon/intron associee a un epissage alternatif chevauchant un locus de la famille multigenique mic, quatre transcrits sans introns, un chevauchement sens-antisens, et deux sites de polyadenylation alternative. Cinq unites transcriptionnelles, temoignant d'une activite transcriptionnelle intense, ont ete definies : elles correspondent aux regions 3 utr de genes potentiels.


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Informations

  • Détails : 350 p.
  • Annexes : 300 ref.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Rennes I. Service commun de la documentation. Section sciences et philosophie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TA RENNES 1999/77
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