Interaction entre la peptide deformylase et ses ligands, vers la conception rationnelle de nouveaux antibacteriens

par STEPHANE RAGUSA

Thèse de doctorat en Sciences médicales

Sous la direction de Thierry Meinnel.

Soutenue en 1999

à Paris 11 .

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  • Résumé

    Chez les procaryotes, les proteines synthetisees comprennent un groupement formyl a leur extremite n-terminale. Ce groupement doit ensuite etre hydrolyse par la deformylase, avant d'aboutir a des proteines fonctionnelles. La deformylase est ainsi necessaire a la croissance bacterienne. Un inhibiteur de cette activite pourrait donc agir comme antibiotique efficace, et non toxique puisque cette enzyme est absente chez les eucaryotes. Pour determiner la nature d'un tel inhibiteur, il est utile de connaitre le mecanisme catalytique de la cible enzymatique et de pouvoir tester facilement l'affinite qu'elle presente pour differents substrats ou inhibiteurs. Pour realiser ces etudes, il est necessaire de disposer in vitro d'une forme de l'enzyme representative de sa forme physiologique. La purification de deformylase par les methodes biochimiques classiques conduit a une enzyme environ 1000 fois moins active que la forme existant in vivo. Nous avons montre qu'en ajoutant du nickel tout au long de la purification, il etait possible de conserver l'enzyme sous une forme pleinement active. La deformylase ainsi obtenue fixe alors un atome de nickel dans son centre catalytique alors que la forme obtenue par purification classique, sans adjonction de metaux, fixait un atome de zinc. Cette forme deformylase-ni, bien que moins stable que la forme deformylase-zn, semble representative de l'enzyme presente dans la bacterie. La conception d'inhibiteurs efficaces in vivo peut donc etre recherchee a partir de la deformylase-ni purifiee. Les homologies a attendre entre la deformylase et les autres metalloproteases connues ont permis de construire un modele de positionnement du substrat dans le site actif de l'enzyme. Ce modele a pu etre valide par mutagenese dirigee. Sur cette base, des inhibiteurs mimant le substrat peptidique mais non hydrolysables ont ete concus au laboratoire.


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Informations

  • Détails : 119 p.
  • Annexes : 105 ref.

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