Implications de l'organisation en isochores des genomes de mammiferes

par OLIVER KEATINGE CLAY

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de Giorgio Bernardi.

Soutenue en 1999

à Paris 7 .

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  • Résumé

    En ce qui concerne la composition en bases, les proprietes principales du genome humain sont similaires a celles de la plupart des mammiferes. Ce genome est constitue par une mosaique de longs segments d'adn (qui couvrent, en moyenne, >> 300 kb), les isochores, qui sont caracterises par une composition en bases nucleotidiques (gc%, soit pourcentage en guanine + cytidine) qui est homogene, par rapport a la diversite compositionnelle de la totalite du genome (3060% gc). Nous avons, tout d'abord, etudie les correlations entre exons, introns, et regions flanquantes. Les fortes correlations qui existent au long d'un isochore permettent l'estimation, par une relation lineaire, des niveaux de gc des longues regions d'adn a partir des niveaux de gc dans les troisiemes positions des codons (gc 3) de leurs genes. Cette relation nous a permis d'estimer la variation de concentrations en genes dans le genome. La densite genique augmente en fonction de niveau de gc : on trouvait que la famille d'isochores h3 la plus riche en gc, qui represente moins de 5% du genome, contient une densite en genes qui est 17 fois plus elevee que celle dans la famille l, pauvre en gc, representant 63% du genome. Les isochores de la famille h3 sont caracterisees par une abondance d'ilots cpg superieure aux autres isochores. La souris et le rat appartiennent a un sous-ensemble de rongeurs, exceptionnel parmi les mammiferes par le fait qu'il leur manque la famille d'isochores h3 et une partie de la famille l. Nous avons obtenu les profils d'adn en csc1 d'une large gamme d'especes de rongeurs. En les comparant avec ceux d'autres mammiferes, obtenus precedemment, nous avons pu confirmer que l'heterogeneite reduite de la souris et du rat apparait seulement chez quelques rongeurs myomorphes. Nous avons egalement compare les sequences de l'homme et de la souris du point de vue densite en cpg, et avons observe que les ilots cpg de la souris avaient subi une erosion par rapport au genome ancestral.


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Informations

  • Détails : 305 p.
  • Annexes : 209 ref.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • Accessible pour le PEB
  • Cote : TS1999
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