Le couplage nanospray / piege ionique : de la vulgarisation des pics fantomes a l'etude d'oligonucleotides sous forme de simple brin ou de dimere specifique

par AMELIE FAVRE MOURGUES

Thèse de doctorat en Chimie

Sous la direction de Jean-Claude Tabet.

Soutenue en 1999

à Paris 6 .

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  • Résumé

    L'apparition de pics fantomes sur les spectres de masse a ete mise en evidence lors de l'utilisation de l'electrospray / piege ionique esquire< t m>, dans des conditions d'utilisation particulieres. L'identification de tels artefacts est importante car l'existence de ces signaux peut entrainer des erreurs d'interpretation, surtout dans le cas de l'etude de composes inconnus. Puis, connaissant les conditions limites qu'il est preferable d'eviter pour ne pas observer de pics fantomes, l'esquire< t m> a permis une analyse approfondie du comportement en phase gazeuse des oligonucleotides. Tout d'abord, la structure de simples brins d'oligonucleotides a ete verifiee par spectrometrie de masse en tandem. Alors que certains mecanismes de fragmentation ont ete confirmes, de nouvelles hypotheses ont ete emises concernant d'autres fragmentations. Par ces mecanismes, la localisation des charges negatives des ions a egalement ete envisagee en phase gazeuse le long des chaines nucleiques. Pour appuyer les suggestions proposees concernant le positionnement des charges negatives, des oligonucleotides multideprotones et possedant un cation sodium ont de plus ete isoles et soumis a une excitation resonnante dans le but de localiser le sel se formant entre le cation na + et un des groupements phosphodiester charge negativement. De ces resultats, des hypotheses de conformation en phase gazeuse des oligonucleotides sous forme simple brin ont ete formulees. Un des moyen pour confirmer ces hypotheses serait de realiser des experiences d'echange hydrogene / deuterium en phase gazeuse. Le probleme des doubles brins specifiques et non-specifiques a ensuite ete aborde. Une premiere etape a consiste a mettre au point les conditions d'analyse permettant la detection de tels especes via le couplage nanospray / piege ionique quadripolaire. Puis, les questions suivantes ont ete abordees : les especes non-covalentes specifiques (duplex) preexistant en solution sont-elles conservees en phase gazeuse ? leur observation est-elle favorisee par rapport a celle des especes non-covalentes non-specifiques ? dans le cas ou des dimeres specifiques sont observes, resultent-ils des liaisons de type watson et crick, ou bien engagent-ils d'autres interactions ?


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Informations

  • Détails : 332 p.
  • Annexes : 350 ref.

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  • Disponible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1999
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