Analyse comparee de l'usage des codons dans les genomes de plantes

par HELENE CHIAPELLO

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de Alain Hénaut.

Soutenue en 1999

à Paris 6 .

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  • Résumé

    Un des resultats majeurs des programmes de sequencage systematique des genomes montre que plus d'un tiers des sequences actuellement disponibles ne presentent aucune similarite avec les sequences connues chez d'autres organismes. Dans ce cadre, il est donc essentiel de s'interesser a l'etude d'indices statistiques permettant de formuler des hypotheses fonctionnelles sur ces genes dont on ignore tout. Ce travail de these a ete consacre a l'etude de l'usage des codons synonymes des genes de trois plantes : a. Thaliana, le mais et le riz. Il a permis de mettre en evidence plusieurs resultats importants. Tout d'abord, il existe un lien entre le biais d'usage des codons et le niveau d'expression des genes chez les trois plantes : lorsqu'un gene presente un niveau d'expression eleve, son usage des codons est en general biaise vers l'utilisation de certains codons synonymes. Des resultats preliminaires montrent qu'il existe aussi tres probablement des codons synonymes preferes dans les genes exprimes specifiquement dans un tissu ou une condition physiologique chez les trois plantes. D'autre part, il semble qu'en moyenne, il existe une bonne conservation du biais d'usage des codons des genes homologues entre les trois plantes etudiees, et ceci meme si les codons synonymes preferes sont specifiques d'une espece. Ceci suggere l'existence d'une coherence globale dans les variations d'usage des codons des genes de plantes. Enfin, ce travail nous a aussi permis de montrer que l'analyse de l'usage des codons des genes peut se reveler un outil puissant dans le cas particulier de l'analyse fonctionnelle des familles multigeniques. Ceci renforce nos convictions quant a l'utilite d'une analyse comparee du biais d'usage des codons des genes de plantes, dans le but de formuler des hypotheses sur le niveau, le tissu ou le profil d'expression de certains genes, ou encore la localisation cellulaire de leurs produits de traduction.


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Informations

  • Détails : 343 p.
  • Annexes : 229 ref.

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Disponible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1999
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