La radiolyse de l'adn : etude experimentale et simulation theorique de l'effet de la structure de l'adn et des ligands

par MARIE BEGUSOVA

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de Michel Charlier.

Soutenue en 1999

à Orléans .

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  • Résumé

    La radiolyse de l'adn en solution aqueuse aeree est essentiellement due a l'attaque par les radicaux oh issus de la radiolyse de l'eau. Nous nous attendons a ce que la radiosensibilite de l'adn depende principalement de l'accessibilite des sites d'attaque des radicaux oh, et donc de la structure moleculaire locale de l'adn. Les effets d'un ligand intercalant, le bromure d'ethidium, sur les rendements et les distributions des coupures de chaine de l'adn ont ete etudies. Le plasmide pop203 et un fragment de 80 paires de bases ont ete irradies par les neutrons rapides en presence de la drogue. Les echantillons ont ete analyses par electrophorese. Nous avons observe une modification des rendements de coupure de chaine liee a la concentration en bromure d'ethidium. Ceci a ete explique par les changements structuraux de l'adn induits par l'intercalation de la drogue. Ce travail experimental a ete suivi d'un travail theoriques a l'aide du modele stochastique radack. La methode de monte carlo a ete utilisee pour mimer la formation et la diffusion des radicaux. Leurs reactions avec les sites d'attaque sur l'adn ont ete modelises selon la theorie de smoluchowski. Les probabilites relatives d'attaque des radicaux oh ont ete calculees pour un fragment d'adn nu sous forme b et z, et en quadruple brin. Nous avons etudie successivement le complexe entre l'operateur lac d'e. Coli et son represseur, le core d'un nucleosome et un complexe entre un oligonucleotide et le bromure d'ethidium, ceci dans le but d'evaluer l'effet des modifications structurales introduites lors de l'interaction de l'adn avec les ligands. Un bon accord a ete observe entre les resultats des simulations theoriques et les valeurs experimentales. A partir de la comparaison entre les resultats experimentaux et calcules, nous avons pu deduire les rendements chimiques decrivant l'evolution du radical du desoxyribose vers une coupure de brin et du radical de la base vers un site sensible en milieu alcalin.

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Informations

  • Détails : 121 p.
  • Annexes : 169 ref.

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  • Bibliothèque : Université d'Orléans. Service commun de la documentation.Section Sciences.
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