Etude de la structure et de la flexibilite d'oligonucleotides contenant un site abasique par modelisation moleculaire

par LEILA SAHNOUN

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de CHRISTIAN COULOMBEAU.

Soutenue en 1999

à Grenoble 1 .

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  • Résumé

    Notre travail s'inscrit dans le cadre de l'etude par modelisation moleculaire d'une lesion majeure de l'adn, le site abasique qui induit des modifications structurales notables encore mal decrites. Nous avons d'abord confirme que la presence d'un site abasique dans une sequence particuliere induit un coude au niveau de la region abasique en comparant les structures d'un oligomere naturel et d'un homologue abasique, obtenues par ailleurs par rmn et modelisation moleculaire. Nous avons montre que la proce dure jumna est capable de reproduire les caracteristiques structurales des conformations abasiques sans l'utilisation de contraintes experimentales. Nous avons etudie les effets de la sequence sur les conformations d'adn contenant des sites abasiques. Nous avons considere les lesions correspondant a toutes les bases non appariees possibles (x), adenine, guanine, cytosine ou thymine situees dans des sequences differentes, cxc et gxg. Les calculs sont faits sur des 11-meres, en utilisant differentes techniques de recherches conformationnelles et la contribution de la solvatation est introduite par un terme electrostatique calcule en utilisant l'equation de poisson-boltzmann. Les resultats sont en tres bon accord avec les donnees experimentales disponibles et montrent des effets de sequences sur la position de la base non appariee (intra- ou extrahelicoidale) et sur la courbure globale induite par la lesion abasique. Pour cxc, les purines non appariees sont a l'interieur de l'helice, les pyrimidines non appariees sont a l'exterieur ou en equilibre entre des formes intra- et extrahelicoidales. Pour gxg, toutes les bases non appariees sont a l'interieur de l'helice, mais avec des differences marquees sur les courbures globales induites. Finalement, nous avons utilise des deformations de flexion et de torsion pour etudier l'effet de la presence du site abasique sur la flexibilite de l'adn. Nous avons montre que la presence de ces lesions augmente generalement la flexibilite sauf pour les structures extrahelicoidales. Les effets structuraux et dynamiques de ce type de lesion de l'adn peuvent avoir des roles notoires dans les mecanismes de reparation.


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Informations

  • Détails : 233 p.
  • Annexes : 179 ref.

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