Determination de la structure tridimensionnelle de la capsiceine et etude des interactions de biomolecules par rmn

The determination of the three dimensional solution structure of capsicein and studies of interactions of biomolecules by nmr techniques

• Auteur / Autrice : CATHERINE VIALLE PRINTEMS
• Direction : Eric Guittet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1999
• Etablissement(s) : Palaiseau, Ecole polytechnique

Mots clés

Mots clés contrôlés

Protéines

Résumé

Une premiere partie presente la mise au point d'experiences de resonance magnetique nucleaire heteronucleaire d'echange #1#5n#1#5n permettant de relier les resonances des groupes nh des residus de proteines marquees au sein d'un systeme en echange lent a l'echelle des frequences de la rmn mais rapide a l'echelle de temps des t#1. Les mecanismes de relaxation croisee presents dans les experiences rmn proton sont alors negligeables. Ces experiences ont permis d'attribuer le spectre hsqc d'alcr, une proteine regulatrice de la transcription chez aspergillus nidulans impliquee dans un complexe avec un adn cible, a partir du spectre de la proteine isolee. Dans la deuxieme partie, la structure tridimensionnelle d'une elicitine secretee par phytophthora capsici, la capsiceine, est reconstruite par modelisation moleculaire (recuit simule dans xplor) sous contraintes rmn. Les elicitines induisent des necroses foliaires chez certaines plantes (tabac, tomate, pomme de terre, poivron, radis) ainsi qu'une resistance contre les pathogenes du radis et du tabac. La capsiceine (98 residus) est composee de 5 helices , un petit feuillet antiparallele et une boucle. Elle presente un repliement compact autour d'un amas de residus hydrophobes, mais degage une cavite susceptible d'accueillir un ligand. La capsiceine est ensuite comparee a la cryptogeine, une proteine homologue mais de spectre d'activite biologique different. Les structures sont similaires, hormis la position de la chaine laterale du residu 12, voisin du residu 13 qui module l'activite necrotique. Enfin, des etudes recentes ont montre que les steroides se fixent avec une tres bonne constante d'affinite et une stchiometrie 1:1 aux elicitines. L'application des experiences d'echange de la premiere partie ainsi que d'autres experiences rmn a permis de determiner que le site de fixation de l'ergosterol sur la cryptogeine est vraisemblablement localise dans la poche hydrophobe que presente la proteine.