Développement de méthodes d'identification et de caractérisation moléculaire pour l'étude de l'écologie de Fusarium oxysporum

par Véronique Edel-Hermann

Thèse de doctorat en Ecologie microbienne

Sous la direction de Claude Alabouvette.

Soutenue en 1999

à Dijon .


  • Résumé

    Les champignons du genre fusarium sont abondants dans les sols et responsables de maladies dans diverses cultures. Dans l'espèce F. Oxysporum, des souches non pathogènes limitent la gravité des fusarioses dues aux souches pathogènes. Des méthodes moléculaires de caractérisation et d'identification de ces champignons ont été développées pour étudier l'effet de facteurs environnementaux sur la structure des populations. Les espèces de fusarium sont différenciées par une analyse de PCR-RFLP d'une region d'Adnr comprenant les ITS et les domaines variables de l'ADNr 28S. La méthode a été appliquée à 87 souches appartenant à 19 espèces. Deux méthodes d'identification de F. Oxysporum ont été mises au point, basées sur l'utilisation d'amorces de PCR ou d'une oligosonde spécifique. Les oligonucléotides ciblent des séquences d'Adnr 28S. Au niveau interspécifique, 3 méthodes de caractérisation de F. Oxysporum ont été développées : RFLP avec une sonde répétée, PCR-fingerprinting avec des amorces ciblant des séquences ERIC et REP, et PCR-RFLP de l'IGS de l'ADNr. Ces méthodes présentent des niveaux de discrimination décroissants et des regroupements corrélés. Les méthodes ont été appliquées à l'analyse de la diversité des populations non pathogènes de F. Oxysporum. La population d'un sol a été comparée à celles associées aux racines de 4 espèces végétales cultivées dans ce sol. Le melon et le lin ne modifient pas la structure des populations. A l'inverse, le blé et la tomate exercent une pression de sélection sur les populations du sol. Mais ces effets sont localisés et ne modifient pas la diversité des populations dans les sols cultivés. Les structures des populations de F. Oxysporum de différents sols ont été comparées. Une analyse de variance moléculaire montre que les populations sont génétiquement différenciées dans les sols et entre sols. Les structures des populations ont été comparées avec les niveaux de réceptivité à la fusariose et les facteurs abiotiques des sols.


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  • Détails : 1 vol. (130 f.)
  • Annexes : Bibliographie : 313 réf.

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  • Bibliothèque : Université de Bourgogne. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : TDDIJON/1999/34
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