Développement de méthodes d'identification et de caractérisation moléculaire pour l'étude de l'écologie de Fusarium oxysporum

par Véronique Edel-Hermann

Thèse de doctorat en Biologie Moléculaire et cellulaire. Ecologie

Sous la direction de Claude Alabouvette.

Soutenue en 1999

à Dijon .

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  • Résumé

    Les champignons du genre fusarium sont abondants dans les sols et responsables de maladies dans diverses cultures. Dans l'espece f. Oxysporum, des souches non pathogenes limitent la gravite des fusarioses dues aux souches pathogenes. Des methodes moleculaires de caracterisation et d'identification de ces champignons ont ete developpees pour etudier l'effet de facteurs environnementaux sur la structure des populations. Les especes de fusarium sont differenciees par une analyse de pcr-rflp d'une region d'adnr comprenant les its et les domaines variables de l'adnr 28s. La methode a ete appliquee a 87 souches appartenant a 19 especes. Deux methodes d'identification de f. Oxysporum ont ete mises au point, basees sur l'utilisation d'amorces de pcr ou d'une oligosonde specifique. Les oligonucleotides ciblent des sequences d'adnr 28s. Au niveau intraspecifique, 3 methodes de caracterisation de f. Oxysporum ont ete developpees : rflp avec une sonde repetee, pcr-fingerprinting avec des amorces ciblant des sequences eric et rep, et pcr-rflp de l'igs de l'adnr. Ces methodes presentent des niveaux de discrimination decroissants et des regroupements correles. Les methodes ont ete appliquees a l'analyse de la diversite des populations non pathogenes de f. Oxysporum. La population d'un sol a ete comparee a celles associees aux racines de 4 especes vegetales cultivees dans ce sol. Le melon et le lin ne modifient pas la structure des populations. A l'inverse, le ble et la tomate exercent une pression de selection sur les populations du sol. Mais ces effets sont localises et ne modifient pas la diversite des populations dans les sols cultives. Les structures des populations de f. Oxysporum de differents sols ont ete comparees. Une analyse de variance moleculaire montre que les populations sont genetiquement differenciees dans les sols et entre sols. Les structures des populations ont ete comparees avec les niveaux de receptivite a la fusariose et les facteurs abiotiques des sols.


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  • Détails : 1 vol. (130 f.)
  • Annexes : Bibliogr. 313 réf.

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  • Bibliothèque : Université de Bourgogne. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TDDIJON/1999/34
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