Hla et analyse de donnees-methodes basees sur la vraisemblance : applications en transplantation de moelle osseuse et en anthropologie

par CHRISTINE LONJOU

Thèse de doctorat en Sciences médicales

Sous la direction de John Clayton.

Soutenue en 1998

à Toulouse 3 .

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  • Résumé

    Le travail presente s'inscrit a l'intersection de trois grands domaines : la genetique humaine, l'analyse statistique et l'informatique. Notre travail se base sur la notion d'haplotype du complexe majeur d'histocompatibilite (cmh) chez l'homme, l'estimation de leurs frequences a partir d'individus non apparentes, et l'exploitation de ces frequences. Plus precisement, l'objet de ce travail est l'analyse de donnees de genetique du systeme hla (human lymphocyte antigens) et trois applications sont presentees : - greffe de moelle osseuse : l'analyse des fichiers francais de donneurs et receveurs de moelle osseuse sur la base des frequences alleliques et haplotypiques afin d'augmenter la probabilite de trouver un match pour un malade. - l'organisation informatique du 12ieme atelier international d'histocompatibilite et la creation de la base de donnees hla. Cet atelier centre sur l'etude de la diversite genetique hla a eu parmi ses objectifs la creation d'une base de donnee contenant environ 30 000 individus types. A cours de cet atelier qui a eu lieu en juin 1996 a saint-malo puis a paris, environ 300 laboratoires dans le monde ont fourni des donnes. - l'analyse des donnees d'anthropologie du 12ieme atelier international d'histocompatibilite. A partir des estimations des frequences alleliques et haplotypiques, nous avons compare les differentes populations et trace leur phylogenie. Les methodes d'analyse que nous avons utilisees sont pour la plupart basees sur la vraisemblance. Il s'agit alors de ne plus se contenter de considerer une probabilite, mais de s'interesser a la probabilite des donnees sous une hypothese, ou plutot la vraisemblance d'une hypothese pour les donnees observees. La confrontation de differentes hypotheses et la recherche de celle ayant le maximum de vraisemblance, constitue la base de cette demarche.


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Informations

  • Détails : 299 P.
  • Annexes : 164 REF.

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  • Bibliothèque : Université Paul Sabatier. Bibliothèque universitaire de sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 1998TOUJ30130
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