Developpement de logiciels d'aide a la modelisation d'arn. Application a la composante ribonucleique de la ribonuclease p bacterienne

par CHRISTIAN MASSIRE

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Eric Westhof.

Soutenue en 1998

à Strasbourg 1 .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    La premiere partie de cette these porte sur le developpement de programmes d'aide a la modelisation d'arn selon une approche modulaire. Le programme manip permet la construction de modules simples et leur assemblage en temps reel. La construction de modules peut se faire de novo (helices) ou par extraction d'une base de modules courants (boucles, interactions boucles-helices). Le modelisateur positionne ensuite manuellement les differents modules les uns par rapport aux autres, en integrant les eventuelles donnees experimentales disponibles. Les jonctions entre les differents modules sont modelisees precisement par action de l'utilisateur sur les angles de torsion des nucleotides. Enfin, une interface avec les programmes nuclin-nuclsq permet l'affinement stereochimique du modele, en tenant compte des appariements canoniques ou non-canoniques ainsi que de la presence de nucleotides modifies. D'autre part nous avons ecrit un programme, drawna, devolu a la representation schematique de structures tridimensionnelles d'arn selon un formalisme ruban et barreaux. Diverses options permettent la production d'images tres realistes de qualite quasi-photographique. La deuxieme partie de cette these decrit la modelisation de la composante ribonucleique de la ribonuclease p eubacterienne (arn p) selon cette approche. La structure secondaire de l'arn p presente deux types structuraux, conservant un meme cur forme par l'assemblage de deux domaines distincts mais differant par leurs extensions. Dans un premier temps, une analyse phylogenetique de 130 sequences a permis l'affinement des deux types de structure secondaire ainsi que la proposition de plusieurs interactions tertiaires. En particulier, nous avons pu predire deux interactions tertiaires impliquees dans la cohesion des deux principaux domaines structuraux, l'une d'entre elles pouvant etre indifferemment de type boucle-helice ou boucle-boucle. Dans un second temps, la construction des deux modeles structuraux a ete effectuee en parallele, tout element structural non contraint dans un modele donne beneficiant des contraintes s'appliquant sur l'element homologue dans l'autre modele. Ces deux modeles sont dans l'ensemble en bon accord avec les donnees experimentales connues a ce jour et suggerent de nombreuses experiences de validation.


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Informations

  • Détails : 144 p.
  • Annexes : 160 ref.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Strasbourg. Service commun de la documentation. Bibliothèque Blaise Pascal.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : Th.Strbg.Sc.1998;3045
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