Evaluation de la diversite bacterienne par le biais de marqueurs moleculaires

par FLORENCE GRATTARD

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Bruno Pozzetto.

Soutenue en 1998

à SAINT ETIENNE .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    Les methodes de typage bacterien permettent d'apprehender la diversite clonale d'une population bacterienne. L'objectif de ce travail a ete d'evaluer la capacite de differents marqueurs moleculaires pour analyser la diversite bacterienne. Au sein de l'espece staphylococcus schleiferi subsp. Scheiferi, nous observons une homogeneite des caracteres phenotypiques alors qu'un certain polymorphisme genomique est mis en evidence par des marqueurs suffisamment discriminants comme la ribotypie. Ce dernier marqueur a une grande valeur taxonomique pour caracteriser l'espece schleiferi par rapport aux autres staphylocoques coagulase-negatifs, en revelant un noyau de bandes specifiques d'espece. Nos travaux sur ureaplasma urealyticum realises par amplification genique aleatoire confirment l'individualisation de deux groupes genomiques majeurs ou biovars dans l'espece, qui ne refletent que partiellement la diversite serotypique de ces bacteries. Chez pseudomonas aeruginosa, nous demontrons que le pouvoir discriminant de la ribotypie est directement lie au choix de l'endonuclease de restriction utilisee pour scinder l'adn genomique des souches. Le typage par amplification genique aleatoire nous permet de caracteriser des isolats de p. Aeruginosa avec un pouvoir discriminant equivalent a celui de l'analyse de macrorestriction. Pour les souches de p. Aeruginosa de serogroupe o:12 qui derivent d'un clone ancestral commun, nous montrons que des marqueurs tres sensibles comme l'electrophorese en champ pulse ou l'amplification genique aleatoire peuvent reveler une certaine diversite moleculaire des souches. Notre etude sur legionella pneumophila souligne l'interet des methodes d'analyse du polymorphisme de l'adn par pcr, a condition d'optimiser les parametres de ces methodes. En conclusion, les marqueurs moleculaires apparaissent comme un excellent outil pour analyser la diversite bacterienne, y compris pour des especes derivant d'un petit nombre de clones ancestraux. Cependant, la capacite d'une methode de typage a etablir un lien clonal entre des isolats bacteriens depend autant des conditions experimentales que de la technique elle-meme et ce parametre doit etre davantage pris en compte dans l'evaluation comparative du pouvoir discriminant des differents marqueurs.


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Informations

  • Détails : 150 P.
  • Annexes : 160 REF.

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