Evaluation de la diversité bactérienne par le biais de marqueurs moléculaires

par Florence Grattard

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Bruno Pozzetto.

Soutenue en 1998

à Saint-Etienne .


  • Résumé

    Les méthodes de typage bactérien permettent d'appréhender la diversité clonale d'une population bactérienne. L'objectif de ce travail a été d'évaluer la capacité de différents marqueurs moléculaires pour analyser la diversité bactérienne. Au sein de l'espèce staphylococcus Schleiferi subsp. Scheiferi, nous observons une homogénéité des caractères phénotypiques alors qu'un certain polymorphisme génomique est mis en évidence par des marqueurs suffisamment discriminants comme la ribotypie. Ce dernier marqueur a une grande valeur taxonomique pour caractériser l'espèce Schleiferi par rapport aux autres staphylocoques coagulase-négatifs, en révélant un noyau de bandes spécifiques d'espèce. Nos travaux sur ureaplasma urealyticum réalisés par amplification génique aléatoire confirment l'individualisation de deux groupes génomiques majeurs ou biovars dans l'espèce, qui ne reflètent que partiellement la diversité sérotypique de ces bactéries. Chez pseudomonas aeruginosa, nous démontrons que le pouvoir discriminant de la ribotypie est directement lié au choix de l'endonucléase de restriction utilisée pour scinder l'ADN génomique des souches. Le typage par amplification génique aléatoire nous permet de caractériser des isolats de p. Aeruginosa avec un pouvoir discriminant équivalent à celui de l'analyse de macrorestriction. Pour les souches de p. Aeruginosa de serogroupe o:12 qui dérivent d'un clone ancestral commun, nous montrons que des marqueurs très sensibles comme l'électrophorèse en champ pulsé ou l'amplification génique aléatoire peuvent révéler une certaine diversité moléculaire des souches. Notre étude sur legionella pneumophila souligne l'intérêt des méthodes d'analyse du polymorphisme de l'ADN par PCR, à condition d'optimiser les paramètres de ces méthodes. En conclusion, les marqueurs moléculaires apparaissent comme un excellent outil pour analyser la diversité bactérienne, y compris pour des espèces dérivant d'un petit nombre de clones ancestraux. Cependant, la capacité d'une méthode de typage à établir un lien clonal entre des isolats bactériens dépend autant des conditions expérimentales que de la technique elle-même et ce paramètre doit être davantage pris en compte dans l'évaluation comparative du pouvoir discriminant des différents marqueurs

  • Titre traduit

    Evaluation of bacterial diversity by molecular typing methods


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Informations

  • Détails : 1 vol. (150 p.)
  • Annexes : 160 références bibliogr.

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