Etudes structurales par rmn et par dynamique moleculaire d'oligonucleotides contenant une coupure simple brin ou une lacune d'un nucleotide

par CLAUS ROLL

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de G. VICTOR FAZAKERLEY.

Soutenue en 1998

à Paris 7 .

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  • Résumé

    La connaissance precise de la structure et du comportement dynamique d'un duplex d'adn contenant une lesion peut apporter des renseignements pour comprendre les mecanismes de reparation de ces lesions. Au cours de ce travail, nous nous sommes interesses a des oligonucleotides contenant un nucleotide manquant. Ces oligonucleotides sont des produits des dommages engendres par le rayonnement ionisant ou des intermediaires dans le mecanisme ber qui est responsable de la reparation des dommages oxidatifs de l'adn. L'adn polymerase rajoute le nucleotide complementaire a ces oligonucleotides. Nous avons determine par rmn que la structure de ces oligonucleotides et globalement de type b. En plus, la structure depend de la nature de la base non appariee. En effet, les purines en face des lacunes sont empilees entre les bases voisines. Pour les pyrimidines en face des lacunes nous avons observe un equilibre entre une position intra et extra helicoidale. Deux especes sont alors en solution. L'espece majoritaire est forme par la pyrimidine en position intra helicoidale. Nous avons egalement observe des formes minoritaires qui dependent de la sequence autour de la lesion. Dans ces especes minoritaires, la base non appariee et une base appartenant a une paire de bases adjacente forment un mesapparriement. Nous avons construit des modeles pour les oligonucleotides avec une purine en face de la lacune par modelisation moleculaire. Des calculs de dynamique moleculaire avec de l'eau explicite a partir de ces modeles ont permis de verifier leur stabilite. De plus, nous avons pu identifier la formation d'un coude et une flexibilite accrue a l'endroit de la lesion dans ces oligonucleotides par rapport a des oligonucleotides sans lesion. Nous proposons alors que ces elements favorisent la formation d'un complexe entre un tel oligonucleotide et l'adn polymerase responsable de le reparer. En particulier, la flexibilite semble etre necessaire pour la reconnaissance de telles structures.


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Informations

  • Détails : 145 p.
  • Annexes : 271 ref.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • Accessible pour le PEB
  • Cote : TS1998
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