Recherche d'une methode basee sur la pcr permettant d'isoler et de cartographier des genes du pois a partir des sequences d'arabidopsis thaliana

par NATHALIE PAVY

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de Georges Pelletier.

Soutenue en 1998

à l'ENSA RENNES .

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  • Résumé

    Jusqu'a present les marqueurs moleculaires utilises en cartographie etaient principalement des marqueurs anonymes. Les sequences des genes de fonction connue peuvent etre utilisees pour le marquage et donc etre exploitees dans une strategie gene candidat. Cependant, pour beaucoup d'especes cultivees, le nombre de genes sequences reste relativement limite. Cette limite sera repoussee en valorisant les donnees acquises sur les genomes modeles. Notre objectif etait d'evaluer la faisabilite du transfert des informations sur les sequences entre arabidopsis et le pois. Nous avons montre que la variabilite intragenique necessaire au developpement de marqueurs pcr a partir des sequences est suffisante pour la cartographie des genes du pois. Des amorces consensus ont ete determinees a partir de sequences de la famille multigenique aux. Elles ont permis d'extraire par pcr et sans clonage plusieurs sequences originales de cette famille chez le pois et plusieurs autres dicotyledones. A partir de 45 couples de sequences comparees, nous avons estime que l'identite des sequences proteiques varie de 52. 9 a 96% entre arabidopsis et le pois. Lorsque le gene recherche n'est connu que chez arabidopsis, la facilite de son identification chez le pois par pcr dependra donc du niveau de conservation entre les sequences des deux especes. Nous avons recherche l'homologue du gene ga4 chez le pois a partir d'informations sur des sequences presentant environ 30% d'identite de sequence avec ga4. L'analyse des sequences a permis d'identifier les zones conservees de la proteine. Cependant les substitutions d'acides amines sont difficilement previsibles et ont probablement empeche l'identification du gene recherche chez le pois.


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Informations

  • Détails : 167 p.
  • Annexes : 208 ref.

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