Modelisation moleculaire de l'arrimage amylase d'orge-fragments amylosiques. Approche statique et mecanistique de la flexibilite de l'enzyme et du substrat pour la catalyse

par GWENAELLE ANDRE

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de VINH TRAN.

Soutenue en 1998

à Nantes .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    Les -amylases sont des endo-enzymes qui hydrolysent les liaisons -(1,4) de l'amidon. La modelisation moleculaire de l'arrimage amylose-amylase est un point cle de la comprehension de la catalyse enzymatique. Une approche statique a ete effectuee a partir du complexe cristallographique amylase d'orge amy2/pseudo-acarbose, resolu a 2. 8a (cnrs marseille). Une premiere analyse systematique des conformations, en presence de contraintes steriques, a caracterise les formes flexibles des cycles glucopyranose. Des fragments d'amylose de dp croissants ont ensuite ete arrimes dans le site actif, selon une strategie appropriee a ce contexte. La deformation de certains cycles du substrat est en accord, a la fois avec le mecanisme reactionnel propose et avec la propagation d'une chaine d'amylose dans et hors du site catalytique. L'arrimage du substrat a revele une fixation, particulierement optimale, de deux cycles, trouves flexibles et en interaction de type stacking avec des residus aromatiques tres conserves parmi les autres -amylases. Par ailleurs, des sous-sites de fixation externes, essentiels dans les specificites physico-chimiques de l'isoenzyme, ont ete identifies. Enfin, le dp final du substrat arrime nous a permis d'apprehender la catalyse en phase heterogene. Une seconde approche plus dynamique a ete menee, sur un possible mecanisme catalytique d'amy2. Une strategie de type robotique, alternative a la simulation dynamique, a ete proposee pour comprendre et caracteriser la flexibilite d'une boucle (v282-d302), bordant le site actif et contenant des elements catalytiques essentiels. Avec une large amplitude de mouvement de va et vient (jusqu'a 6a), amorce par deux residus charnieres conserves, le deplacement de cette boucle, de la position extreme ouverte a celle fermee, pourraient faciliter chronologiquement l'accessibilite au substrat, l'hydrolyse elle-meme et enfin le relarguage des produits formes.


  • Pas de résumé disponible.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 216 P.
  • Annexes : 237 REF.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Nantes. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 98 NANT 2007
  • Bibliothèque : Université de Nantes. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 98 NANT 2007
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.