Conception d'une ontologie en immunogénétique et développement d'un module de cohérence pour le contrôle de qualité de IMGT/LIGM-DB

par Véronique Bernard Giudicelli

Thèse de doctorat en Interface chimie - biologie. Systèmes moléculaires à visée thérapeutique

Sous la direction de Marie-Paule Lefranc.

Soutenue en 1998

à Montpellier 2 .


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  • Résumé

    La genetique des recepteurs d'antigenes, immunoglobulines et recepteurs t, fait intervenir des mecanismes complexes de rearrangement au niveau de l'adn. Nous avons participe au developpement de la base de donnees specialisee imgt/ligm-db, the international immunogenetics database (http://imgt. Cnusc. Fr:8104), dediee aux immunoglobulines et recepteurs t. Nos objectifs ont ete de faciliter les etapes de mises a jour dans imgt malgre les flux croissants de donnees, de restituer un ensemble de donnees homogene aux utilisateurs en tenant compte des changements de regles dans la description des donnees et des ajouts de connaissances. Pour atteindre ces objectifs, nous avons developpe deux outils de controle des donnees : nous presentons la conception de la premiere ontologie en immunogenetique. Un des objectifs d'une ontologie est de preciser la signification semantique des termes utilises. Cette ontologie est destinee aux annotateurs et aux utilisateurs de la base afin qu'ils disposent en permanence du vocabulaire et des conventions utilisees dans imgt/ligm-db. La distribution de cette ontologie s'integre dans le developpement d'interactions avec les autres bases de donnees. Nous avons developpe un systeme de surveillance, appele module de coherence, qui controle l'etat des donnees dans la base imgt. Ce systeme coordonne l'enregistrement des donnees de differentes sources dans la base. Il controle la coherence biologique des donnees a partir des informations contenues dans les tables de connaissances. Il permet de maintenir la coherence de la base de donnees lorsqu'il est necessaire d'integrer de nouvelles connaissances.

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Informations

  • Détails : 232 p
  • Annexes : Bibliogr. p. 123-127

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  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS 98.MON-232
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