Développement d'une distance évolutive entre séquences prenant en compte la variabilité du taux de substitution entre sites et application à la reconstruction de phylogénies moléculaires anciennes

par Nicolas Jacques Tourasse

Thèse de doctorat en Sciences

Sous la direction de Manolo Gouy.

Soutenue en 1998

à Lyon 1 .

Le jury était composé de Manolo Gouy.


  • Résumé

    L'utilisation des sequences des genes permet de retracer la phylogenie qui unit les organismes procaryotes et eucaryotes. Un des problemes principaux lies a ces reconstructions profondes concerne l'estimation du nombre de substitutions qui se sont produites dans les sequences. Cette tache est tres difficile lorsque les taxons sont tres eloignes car les differences observees entre les sequences actuelles ne representent qu'une faible part de la quantite totale de substitutions. Pour se rapprocher du nombre exact, il apparait obligatoire de prendre en compte le fait que tous les sites dans les sequences n'ont pas la meme probabilite de subir un changement. Suite a l'analyse de nombreux jeux de donnees, nous proposons un modele qui represente assez bien cette variabilite. Selon le modele, une certaine fraction des sites sont invariants tandis que les sites variables accumulent des substitutions qui se distribuent selon une loi binomiale negative tronquee. L'inclusion des sites invariants est un point important pour le bon ajustement du modele aux frequences de substitutions determinees selon le critere du maximum de parcimonie. La distribution a ensuite ete utilisee pour deriver de nouveaux estimateurs de distances evolutives entre paires de sequences. Ceux-ci detectent davantage de changements que les estimateurs classiques qui ignorent la variabilite des substitutions. La correction est d'autant plus forte que les sequences sont eloignees. Les arbres phylogenetiques construits a l'aide des nouvelles distances sont souvent differents de ceux estimes avec les distances usuelles. En particulier, ils sont moins sensibles au phenomene d'attraction des longues branches. Parmi les resultats les plus marquants, il apparait que les euglenozoaires auraient emerge beaucoup plus tardivement dans l'arbre des eucaryotes qu'on ne le pensait jusqu'ici et qu'au sein des archebacteries le phylum des crenarchebacteries partageraient un ancetre commun avec les eucaryotes


  • Pas de résumé disponible.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (186 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 166-181

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Claude Bernard (Villeurbanne, Rhône). Service commun de la documentation. BU Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Bibliothèque : Muséum national d'histoire naturelle. Bibliothèque d'ichtyologie.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : SSM-Th-1998-5
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.