Developpements methodologiques et etudes dynamiques de proteines en solution par relaxation en rmn

par FLORENCE CORDIER

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Dominique Marion.

Soutenue en 1998

à Grenoble 1 .

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  • Résumé

    Dans la premiere partie de ce travail, nous avons propose le principe de dimensionalite reduite dans des experiences heteronucleaires multidimensionnelles sur des proteines marquees #1#5n/#1#3c. Deux experiences (3d-mq-hncoca et 3d-mq-noesy doublement filtree #1#5n/#1#5n et/ou #1#5n/#1#3c) utilisant ce principe ont ete mises au point et en ont montre l'interet pour l'attribution et le calcul de structure tridimensionnelle preliminaire. La majeure partie de ce travail concerne l'etude de la dynamique des proteines dans la gamme ps-ms par la mesure de parametres de relaxation. Dans un premier temps, les parametres de relaxation des noyaux #1#5n contenant l'information sur la mobilite des vecteurs n-h du cytochrome c#2 de rhodobacter capsulatus ont ete interpretes en parametres dynamiques grace a l'approche de lipari et szabo. Les mouvements internes sont caracterises par un parametre d'ordre et un temps de correlation interne et sont superposes a un mouvement de reorientation isotrope caracterise par un temps de correlation global. La qualite des parametres dynamiques extraits nous ont incite a considerer un mouvement global anisotrope, caracterise par un tenseur de diffusion d. Celui-ci a pu etre caracterise avec une excellente precision et les parametres de mobilite interne ont pu ensuite etre extraits par cette approche hybride avec une plus grande fiabilite, mettant en evidence la nature relativement compacte de cette proteine meme si une plus grande flexibilite est observee dans certaines boucles. Enfin, l'etude du vecteur ca-co a ete entreprise dans l'optique de caracteriser l'anisotropie des mouvements locaux, a cote de l'information issue du vecteur n-h. Des simulations de dynamique moleculaire ont permis de proposer des modeles de mouvements du plan peptidique pour certains residus et une experience rmn triple-resonance destinee a la mesure de la vitesse de relaxation croisee ca-co a ete mise en place. Ce parametre a finalement pu etre converti en parametre d'ordre.


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  • Détails : 188 P.
  • Annexes : 196 REF.

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