Influence de la localisation et de la specificite d'un substrat carbone sur la dynamique d'une population bacterienne introduite dans un sol

par Philippe Duquenne

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Gérard Catroux.

Soutenue en 1998

à Dijon .

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  • Résumé

    Le succes d'une inoculation est fortement conditionne par le nombre de micro-organismes actifs et survivants presents dans le sol. L'apport d'un substrat carbone dans le sol peut ameliorer l'efficacite de l'inoculation en favorisant la survie et la croissance des bacteries introduites. Le travail realise visait a favoriser l'utilisation de ces substrats par l'inoculum en tentant de limiter les effets de la competition nutritionnelle avec la microflore indigene du sol par un apport localise du substrat ou par l'utilisation d'un substrat specifique de la souche inoculee. Les travaux ont ete conduits sur deux modeles bacteriens : b. Japonicum et p. Fluorescens. Nous avons compare la croissance de l'inoculum dans un sol en fonction de l'apport d'une source de carbone dans le sol (localisee ou non) et de la methode d'introduction de cellules et des substrats. Dans un sol non sterile, la croissance de l'inoculum est dependante de la souche inoculee, des techniques d'inoculation et de l'apport des substrats. Seule l'utilisation de microgranules poreux contenant le glycerol, comme support d'inoculation de b. Japonicum, permet la croissance de cette souche et une meilleure efficacite au champ lorsque le substrat est introduit a la dose de 0. 07%. En revanche, dans les memes conditions, l'introduction conjointe de l'inoculum et du glycerol dans le sol provoque systematiquement la croissance d'une souche a croissance rapide telle p. Fluorescens pour les deux techniques. Dans tous les cas la localisation des cellules et du substrat dans les microgranules conduit a une croissance plus importante. Pour prendre en consideration l'effet de la competition nutritionnelle sur la part de substrat utilise par l'inoculum pour sa croissance, nous avons developpe des etudes de competition entre deux microflores bacteriennes en systeme simplifie. Ce systeme est constitue d'une base d'agregats sterilises precolonises par une souche bacterienne figurant la microflore du sol, et dans lesquels est inoculee une seconde souche. Cette approche a permis de montrer que l'utilisation d'un substrat specifique a l'inoculum etait favorable a la croissance de ce dernier. Cet interet semble d'autant plus marque lorsque la bacterie degradant ce substrat specifique a une croissance lente. L'association microgranules/inoculum/substrat specifique peut donc conduire a une meilleure croissance de l'inoculum. La meme approche a egalement permis d'inoculer une bacterie resistante a des antibiotiques dans un sol precolonise par la souche sauvage. Ces etudes montrent que la localisation des cellules et du substrat donne un avantage competitif a l'inoculum pour une partie de l'enrichissement. Dans un sol non sterile, l'etude de l'effet d'un substrat specifique sur la croissance de b. Japonicum se heurte a la difficulte de trouver de telles substances.


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  • Détails : 176 P.
  • Annexes : 171 REF.

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