Contribution a l'analyse structurale de tetraboucles uncg : spectres optiques, rmn et modelisation moleculaire

par MOUHIBA ABDELKAFI

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Mahmoud Ghomi.

Soutenue en 1997

à Paris 11 .

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  • Résumé

    L'analyse des boucles de petite taille dans les acides nucleiques, est d'un interet considerable, compte tenu de la structure tridimensionnelle que celles-ci doivent adopter pour pallier a tous les problemes dus aux contraintes steriques. Nous nous sommes interesses a des boucles majoritaires de l'arn ribosomal 16s, et plus particulierement les tetraboucles de la famille uncg (n = u, a, c, g). La tetraboucle uucg a un comportement particulier vis a vis de la transcriptase inverse, car l'activite de cette enzyme est stoppee lorsqu'elle rencontre l'extremite 3' de cette boucle. Nous avons determine les caracteristiques structurales, en phase aqueuse, des quatre tetraboucles uncg formees dans de courtes epingles-a-cheveux, ayant uniquement deux paires de bases gc dans leurs tiges, en employant des methodes de spectroscopie optiques (pour les quatre boucles) et la rmn (pour la boucle uacg), ainsi que la modelisation moleculaire. Les spectres d'absorption uv et de dichroisme circulaire, en fonction de la temperature, permettant d'obtenir des informations sur l'empilement des bases, revelent une transition conformationnelle ordre desordre, et ont permis d'extraire les parametres thermodynamiques t#m, h et s, relatifs a cette transition. Des deplacements chimiques, des constantes de couplage et des volumes noe ont ete mesurees pour la tetraboucle uacg par rmn. Ces donnees sont similaires a celles observees anterieurement pour la boucle uucg, prouvant ainsi leur similarite structurale. Les spectres de diffusion raman et d'absorption infrarouge, ont fourni des renseignements qualitatifs concernant la conformation des differents nucleotides inclus dans les macromolecules etudiees, par le biais des modes marqueurs de conformation. Cependant, sur la base des spectres vibrationnels, il est difficile d'accepter la presence d'un sucre c2' endo en deuxieme position des tetraboucles uccg et ugcg, comme predit par la rmn pour les boucles uucg et uacg. La modelisation moleculaire, basee sur trois methodes complementaires : monte carlo-metropolis, mecanique et dynamique moleculaires, a contribue a l'analyse de l'espace conformationnel et a l'interpretation des donnees experimentales, aussi bien sur les trimeres r(acc) et r(aac) que sur les epingles-a-cheveux uncg.

  • Titre traduit

    Structural analysis of uncg tetraloop : optical, nmr spectroscopies and molecular modelling


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  • Détails : 126 P.
  • Annexes : 116 REF.

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  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TH2014-013535
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