Organisation et evolution du genome : methylation et carence en doublets cpg chez les vertebres

par KAMEL JABBARI

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Giorgio Bernardi.

Soutenue en 1997

à Paris 7 .

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  • Résumé

    L'etude de la methylation et de la suppression des doublets cpg chez les vertebres a montre que le genome des vertebres a sang chaud est deux fois moins methyle que celui des vertebres a sang froid, la methylation dans les familles d'isochores du xenope, du poulet de la souris et de l'homme, montre qu'il existent des correlations positives significatives entre la teneur en gc et la frequence des doublets cpg. Cet effet est detecte aussi au niveau des sequences codantes ou la frequence des doublets cpg est superieure dans les sequences codantes du xenope que dans celles de l'homme. Cette correlation se justifie par l'augmentation de la frequence de doublets cpg (cibles preferentielles de la methylation) avec la teneur en gc des isocores, conclusion qui a pu etre obtenue grace a l'analyse des grandes sequences (< 50 kb) disponibles aujourd'hui dans les banques de donnees. L'analyse des sequences genomiques humaines (< 50 kb) a permis de conclure que les ilots cpg augmentent d'un facteur de 15 entre l1 et h3. Cette observation renforce l'interet de l'attention qui doit etre portee sur les secteurs tres riches en gc dans la quete des genes. La distribution des retrotransposons alu a montre que le pic de concentration des alus se trouve dans la famille h2. Ce resultat montre definitivement que le lieu preferentiel de l'integration des retrotransposons alu est la famille h2 du genome humain. La quantification de la 5mc dans les differentes familles d'isochores du genome humain et l'estimation de la methylation relative (i. E. Le rapport cpg methyles/cpg disponibles), ont clairement demontre que les regions riches en gc sont moins methylees que les regions pauvres en gc, cet effet persiste meme apres soustraction des ilots cpg et des sequences alu. L'etude du rapport methylation/ taille du genome des vertebres a montre qu'une correlation negative significative existe entre la taille du genome et la frequence de la 5mc. Dan la deuxieme partie de cette these, nos montyron que, de facon similaire a la transition vertebres a sang froid/vertebres a sang chaud, une transition compositionnelle majeure a eu lieu entre les graminees et leur ancetre monocotes. L'analyse des variations des substitutions synonymes et non-synonymes au niveau intragenique des genes orthologues de mammiferes a montre que les vitesses de substitutions synonymes et non-synonymes sont correlees et que le niveau de gc (et particulierement le niveau de la c) est correle aux vitesses de substitutions synonymes.


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Informations

  • Détails : 133 p.
  • Annexes : 194 ref.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • Accessible pour le PEB
  • Cote : TS1997
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