Etude structurale et dynamique du fragment proteique r2r3 de c-myb et de l'oligonucleotide adnmim16

par LOUSSINEE ZARGARIAN

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Bernard Alpert.

Soutenue en 1997

à Paris 7 .

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  • Résumé

    Le present travail consiste a mieux cerner les mecanismes moleculaires responsables de la reconnaissance specifique entre la proteine myb et son motif specifique sur l'adn. Si la connaissance de la structure du facteur de transcription et de son complexe avec l'adn constitue un apport fondamental, celle-ci n'est toutefois pas suffisante pour saisir toutes les facettes du mecanisme du controle transcriptionnel. Aussi, nous avons entrepris une etude energetique et dynamique de l'organisation du complexe c-myb - adn mim16. Le domaine d'association de c-myb a l'adn est constitue de trois elements repetitifs r1, r2, r3 de 51-52 acides amines chacun. Le motif de reconnaissance de c-myb serait une sequence helice - coude - helice. Nous avons etudie le comportement des deux partenaires du complexe specifique entre le fragment r2r3 de la proteine c-myb de poulet et la sequence de l'oligonucleotide reconnue : l'adn mim16. Nous avons recherche si les six residus trp du fragment r2r3-espaces par 18 ou 19 acides amines - etaient tous impliques dans le complexe specifique r2r3 - adn mim16. Nos resultats montrent que seuls quatre residus trp participent a l'association proteine - adn. Nous avons aussi recherche les incidences de la formation du complexe specifique sur la dynamique des deux partenaires : proteine r2r3 et fragment adn reconnu. La dynamique de l'adn a ete percue, via les caracteristiques spectrales de la fluoresceine covalement fixee a l'oligonucleotide. La fixation de la proteine sur l'oligonucleotide ne perturbe pas l'accessibilite du solvant a la fluoresceine, mais restreint les mouvements de ce fluorophore et donc affecte la dynamique et la mobilite l'oligonucleotide. Une etude spectroscopique de la fluorescence des residus trp a aussi ete entreprise sur r2r3 libre et associe a l'adn. Nos experiences d'extinction de fluorescence montrent que l'environnement des residus trp du fragment r2r3 est perturbe quand r2r3 se trouve complexe a l'oligonucleotide adn mim16. Ce travail montre que les deux partenaires du complexe specifique r2r3 - adn mim16 sont perturbes lors de l'association. Leur espace de reconnaissance induit des modifications structurales et dynamiques qui s'installent lentement chez les deux partenaires.

  • Titre traduit

    Structures and dynamics of the r2r3 protein fragment and of the dnamim16 oligonucleotide


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Informations

  • Détails : 150 P.
  • Annexes : 223 REF.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • Accessible pour le PEB
  • Cote : TS1997
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