Algorithmes pour la comparaison de structures moleculaires tridimensionnelles

par VINCENT ESCALIER

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de CHRISTIAN CHOFFRUT.

Soutenue en 1997

à Paris 7 .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    Le probleme general que nous cherchons a resoudre consiste a identifier des regions structuralement similaires au sein d'un groupe de molecules, et plus particulierement d'un groupe de proteines. La definition de ces regions differe selon la representation des molecules choisie. Si ces dernieres sont decrites par des coordonnees atomiques, on recherche des sous-ensembles d'atomes dont les positions relatives dans l'espace sont semblables. En revanche, si chaque molecule est representee par un champ de potentiel decrivant les interactions de cette molecule avec son environnement, les regions communes sont des zones de l'espace ou les potentiels ont la meme forme geometrique. Enfin, si l'on decrit une molecule par les conformations qu'elle peut adopter, on cherchera des atomes dont les positions relatives restent semblables dans les differentes conformations de la molecule. On montre que ces trois problemes se ramenent a celui de la comparaison d'ensembles de points. Parmi les differentes mesures de ressemblance geometrique disponibles, celle retenue est basee sur la comparaison des distances internes au sein de chaque molecule. L'utilisation de cette definition permet de transformer des problemes geometriques en problemes classiques sur des graphes (essentiellement la recherche de cliques). De nouveaux algorithmes de resolution pour les trois problemes sont presentes, ainsi que des exemples d'application. L'emploi d'heuristiques permet d'obtenir des resultats pour les deux premiers problemes en un temps raisonnable (quelques minutes a quelques dizaines de minutes), y compris sur des molecules de grande taille comme les proteines. La complexite theorique du dernier probleme etant exponentielle, la methode proposee est pour l'instant limitee a l'etude de petites molecules (moins d'une centaine d'atomes).


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Informations

  • Détails : 187 P.
  • Annexes : 187 REF.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • Accessible pour le PEB
  • Cote : TS1997
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