Interet biologique des vibrations de l'adn

par TAP HA DUONG

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de KRYSTYNA ZAKRZEWSKA.

Soutenue en 1997

à Paris 6 .

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  • Résumé

    Au meme titre que sa structure fine, la propension de l'adn a se deformer pour adopter une conformation qui optimise ses interactions avec les proteines depend de sa sequence. Aussi, les mouvements de grande amplitude de l'adn sont certainement impliques dans les phenomenes de reconnaissance de l'adn par les proteines ou autres drogues. La dynamique des acides nucleiques fait donc l'objet de nombreuses etudes aussi bien experimentales que theoriques en vue de rationaliser sa contribution a la specificite des complexes adn-proteine. Parmi les techniques employees, l'analyse des modes normaux permet d'aborder efficacement l'influence de la sequence sur les vibrations de basse frequence de l'adn. A l'aide de cette methode, nous avons montre que la difference de comportement dynamique entre les trois formes allomorphes de l'adn reside principalement dans les amplitudes de vibration du squelette phosphodiester qui augmentent dans l'ordre a < z < b. La dynamique de l'adn depend aussi des differentes drogues qui s'inserent dans la double helice : l'intercalant aminoacridine augmente fortement et localement la flexibilite du site d'intercalation. Par contre, la netropsine qui se loge dans le petit sillon de la double helice rigidifie le fragment d'adn recouvert par la drogue. L'effet de la sequence sur la dynamique des oligonucleotides a ete aborde dans le cas des complexes operateur-represseur du bacteriophage 434. Au centre des sites de reconnaissance par la proteine, il est mis en evidence que les pas tpa et apt sont plus flexibles que cpg et gpc en terme de twist, cependant que les pas pyrimidine-purine se distinguent des pas purine-pyrimidine par des amplitudes de vibration plus importantes du roll. Neanmoins, ces differences apparaissent trop faibles pour contribuer de facon predominante a la specificite des interactions operateur-represseur. Le facteur determinant de cette specificite semble plutot etre d'origine electrostatique comme le suggere l'optimisation energetique de ces complexes que nous avons effectue avec le logiciel jumna. Tous ces resultats sont coherents avec les donnees experimentales disponibles et augurent que l'analyse des modes de vibration de l'adn associee aux methodes de minimisation d'energie des complexes nucleoproteiques constituent un moyen performant de deconvoluer les differents facteurs qui determinent les phenomenes de reconnaissance moleculaire.


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Informations

  • Détails : 180 P.
  • Annexes : 270 REF.

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Disponible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1997
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