Dynamique et denaturation d'une proteine : simulations et diffusion de neutrons sur la nuclease de staphylocoque

par ANNE GOUPIL LAMY

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Paul Vigny.

Soutenue en 1997

à Paris 6 .

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  • Résumé

    Afin d'etudier le repliement des proteines, nous avons etudie par simulations de dynamique moleculaire la nuclease de staphylocoque et son fragment. Le fragment est constitue par les 136 residus c-terminaux. Lorsqu'on tronque les 13 derniers residus, la forme native est destabilisee et le fragment forme une structure compacte et partiellement denaturee a l'equilibre qui conserve son activite enzymatique. Cette proteine tronquee, constitue un modele pour une proteine n'ayant pas fini de se replier. En effet, puisque le temps de synthese au sein du ribosome est beaucoup plus lent que le temps mis par une proteine pour se replier, le fragment pourrait ressembler a un polypeptide emergeant du ribosome. Dans un premier temps, nous avons compare la structure du fragment obtenu par simulation de dynamique moleculaire aux donnees experimentales dont nous disposions. Le fragment simule bien que n'ayant pas atteint totalement la structure experimentale possede cependant certaines de ses caracteristiques experimentales. Il nous est possible a partir des informations detaillees fournies par la simulation d'expliquer certains des changements structuraux observes experimentalement. Dans un deuxieme temps, nous avons effectue des experiences de diffusion de neutrons sur la nuclease de staphylocoque et son fragment. Sur l'instrument in5 a l'ill nous avons mesure des spectres de diffusion quasi-elastique. A partir des simulations, nous avons ensuite essayer de reproduire ces spectres et nous avons pu en deduire la contribution importante des mouvements globaux sur le spectre quasi-elastique. Des experiences de diffusion inelastique ont ensuite ete effectuees sur l'appareil tfxa a isis. A partir d'une analyse des modes normaux il nous a ete possible de reproduire avec un assez bon accord ces spectres de diffusion inelastique. Ceci nous a permis d'attribuer la plupart des pics observes experimentalement.


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Informations

  • Détails : 199 P.
  • Annexes : 153 REF.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Consultable sur place dans l'établissement demandeur
  • Cote : T Paris 6 1997 360
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1997
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