Etude combinatoire des chemis élémentaires d'un réseau cubique Z3 et application à la biologie moléculaire

par Tarek Dachraoui

Thèse de doctorat en Mathématiques appliquées

Sous la direction de Yves Cherruault.

Soutenue en 1997

à Paris 6 .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    Le probleme de la prediction du repliement d'une proteine naissante est un probleme ardu reste sans solution malgre les efforts considerables des 25 dernieres annees. Nous proposons dans ce travail une nouvelle demarche, en opposition avec la demarche globale qui consiste a vouloir predire la structure tridimensionnelle de la proteine a partir de sa structure primaire, sans tenir compte de la realite du repliement. En effet, le repliement d'une proteine naissante est un processus co-traductionnel, et plusieurs parametres interviennent dans le repliement : presence du ribosome, interactions thermodynamiques, contraintes cinetiques, etc. En prenant en compte ces considerations nous avons etabli un modele du repliement d'une proteine naissante, ou une proteine est representee par un chemin elementaire dans un reseau cubique z#3. Pour calculer l'entropie de la proteine, nous avons etudie le nombre de configurations possibles de la proteine, qui n'est autre que le nombre de chemins elementaires d'altitude croissante de z#3. Ceci a necessite une etude combinatoire des chemins elementaires de z#3. L'etude en elle meme est originale par la technique utilisee qui est celle des fonctions generatrices ordinaires. Elle a permis, en utilisant l'analyse complexe, de montrer le resultat original suivant : si (a#n) designe la suite des nombres de chemins elementaires d'altitude croissante de z#3 alors a#n = #n(1 + #n) ou 1. 23, 4. 15 et #n o rapidement. Ceci confirme d'ailleurs la simulation numerique qui a motive ce resultat. Le modele est materialise par un programme informatique, appele promod, dont les parametres sont : la fonction d'energie e, la strategie de repliement s, la structure primaire de la proteine et le facteur ribosomique. Ce programme nous donne la configuration tridimensionnelle de la proteine naissante. Enfin nous avons utilise promod pour etudier l'influence du ribosome sur le repliement d'une proteine naissante.

  • Titre traduit

    Combinatorial study of elementary paths of a cubic lattice z and application to molecular biology


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  • Détails : 1 vol. (131 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 130-131

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  • Cote : PMC RT P6 1997

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