Etudes theoriques des mouvements de grande amplitude dans les proteines

par CHRISTOPHE GUILBERT

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de D. PERAHIA.

Soutenue en 1996

à Paris 7 .

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  • Résumé

    Le travail presente est centre sur la recherche des mouvements amples et collectifs des proteines sur une echelle de temps compatible avec les temps des processus biologiques par des techniques de modelisation moleculaire: ? application de la methode des modes normaux a l'etude de la phosphoglycerate kinase (pgk) afin de determiner le mecanisme du mouvement charniere conduisant a la forme fermee de l'enzyme (forme catalytique) ; l'etude de l'effet des substrats et d'une mutation par deletion d'un fragment sur ce mouvement a egalement ete effectuee. Les resultats obtenus montrent que la fixation des substrats, (atp ou 3pg, atp et 3pg) modifie les caracteristiques de ce mouvement. La fixation des deux substrats rend les domaines plus rigides diminuant ainsi le nombre et la localisation des regions charnieres autour desquelles le mouvement des domaines s'effectue. Lorsque les deux substrats sont fixes a la pgk, le mouvement des domaines se fait dans une direction susceptible de rapprocher les atomes reactifs permettant le transfert du groupement phosphate. ? developpement et application d'une nouvelle methode de simulation, pedc permettant d'etudier les mouvements amples et collectifs des proteines. Cette methode permet de trouver pour des macromolecules un chemin de transition entre deux structures cristallographiques connues (t et r par exemple) ; elle permet aussi d'explorer d'autres conformations a partir d'une seule structure connue (par exemple, l'obtention de la forme fermee d'un enzyme a partir de la structure proteique de la forme ouverte), elle consiste a deplacer la structure le long des vallees de basse energie. Par cette technique, une forme fermee de la pgk positionnant les atomes reactifs dans un environnement favorable a l'acte catalytique a ete obtenue. Nous avons egalement determine un chemin de transition entre la forme t desoxygenee et la forme r oxygenee de l'hemoglobine ; enfin, l'etude du repliement du lysozyme de poule a ete effectuee


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Informations

  • Détails : 111 P.
  • Annexes : 130 REF.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • Accessible pour le PEB
  • Cote : TS1996
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