Étude des propriétés structurales d'un site de coupure préférentiel de la topoisomerase II

par Arsia Amir Aslani

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Serge Fermandjian.

Soutenue en 1996

à Paris 6 .


  • Résumé

    La grande variete des structures d'adn repertoriees, nous permet de penser que ce sont les proprietes conformationnelles de l'adn qui se trouvent a la base des evenements gouvernant la regulation genetique. A l'origine de celle-ci se trouvent les phenomenes de reconnaissance moleculaires : liaison d'un ligand, que ce soit une proteine ou un agent antitumoral, a un domaine particulier de l'adn. L'analyse des sequences au voisinage des principaux sites de clivage de l'adn de pbr322 par la topoisomerase ii de thymus de veau couplee a l'ellipticine a permis de mettre en evidence une sequence consensus dont le prototype est le site (fort) 22 (fosse et al. , 1991). Cette coupure est egalement stimulee par l'etoposide vp-16 qui est sense agir sur la topoisomerase ii par un mecanisme different de celui de l'ellipticine. La question est de savoir si le site de coupure 22 de la topoisomerase ii peut adopter une conformation differente de celle de la double helice lineaire ? au cas ou une telle conformation existe, est-elle un site de reconnaissance pour la topoisomerase ii couplee aux principaux agents antitumoraux ? la sequence comprenant le site 22, 5'-d(agcttatc-atc-gtattgct)-3' (-atc-) et 5'-d(agcttatc-gat-gtattgct)-3' (-gat-) de par sa symetrie, est susceptible d'adopter une structure repliee cruciforme probablement en equilibre avec la structure en duplex lineaire. Pour analyser un tel systeme, nous avons utilise les techniques de resonance magnetique multinucleaire (#1h et #31p) et multidimensionnelle (1d, 2d) combinees a celles d'absorption-uv et de dichroisme circulaire (dc). Chaque brin a ete etudie independamment. Nous montrons que le brin -atc- adopte une structure exclusivement en epingle a cheveux, tandis que le brin -gat- est present sous forme d'un equilibre monomere-dimere, ou le monomere (forme repliee en epingle a cheveux) est preponderant. La mesure de la thermostabilite des formes en epingle a cheveux -gat- et -atc- montre que -atc- est plus stable que -gat- de 4c. Ceci est en accord avec les spectres de dc qui indiquent que les interactions d'empilement sont plus importantes dans -atc- que dans -gat-. Les spectres de rmn noesy montrent que le reseau des interactions noes est identique dans la tige des deux oligonucleotides mais les connectivites interresiduelles sont bien plus nombreuses dans la boucle -atc- que dans -gat-. Des experiences #1h-#31 cosy avec detection proton ou #31p-#1h (doc) ont ete realisees dans le but d'etudier la conformation du squelette phosphodiester des brins -atc- et -gat-. Pour -atc- des distorsions du squelette phosphodiester se produisent, sur l'ensemble de la boucle, alors que dans le cas de -gat- elles apparaissent beaucoup plus faibles en conclusion, il est necessaire de souligner la convergence des resultats obtenus avec des approches tres diverses : rmn, dichroisme circulaire mecanique moleculaire. La capacite de chaque brin -atc- et -gat- d'adopter une structure repliee est en faveur d'un equilibre conformationnel dans le site 22, in vivo. Ce dernier est certainement necessaire a la reconnaissance de l'adn par les enzymes telles que la topoisomerase ii.

  • Titre traduit

    Structure analysis of topoisomerase II's preferential clivage site


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Informations

  • Détails : 100 p.
  • Annexes : 115 réf.

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Consultable sur place dans l'établissement demandeur
  • Cote : T Paris 6 1996 454
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1996
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