Etude par resonance magnetique nucleaire 2d et 3d de la structure tridimensionnelle de la boite a de la proteine hmg1

par YUMIKO OHYAMA

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Marius Ptak.

Soutenue en 1996

à Paris 6 .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    La structure tridimensionnelle de la boite a de la proteine hmg1 de mammiferes (rat) a ete determinee par resonance magnetique nucleaire (rmn) et modelisation moleculaire. Cette proteine appartient a la serie des nucleoproteines appelees high mobility group proteins qui sont caracterisees par leur complexation avec l'adn. Les proteines hmg1 et ses homologues possedent deux regions basiques bien structurees d'environ 80 residus: domaines n-terminal et central. Ils sont appeles respectivement boites a et b qui se complexent sans specificite sequentielle avec les adn courbes et distordus. Avec des contraintes obtenues a partir des experiences rmn homonucleaires et heteronucleaires 2d et 3d, nous avons construit des modeles par le logiciel xplor. Les structures obtenues ont une forme en l comme celles des autres proteines hmg. Le bras long est constitue de la region n-terminale (residus 2-14) et de la troisieme helice (residus 53-76) qui sont accolees l'une contre l'autre, tandis que le bras court contient la premiere (residus 15-29) et la deuxieme helice (residus 40-50). La disposition du l est vrillee au niveau du coude entre les bras long et court. A cet emplacement, il existe un cluster hydrophobe, dans lequel les cycles aromatiques des residus phe forment entre eux un angle voisin de 60. Cette disposition pourrait etre liee a une modification structurale au moment de l'interaction avec l'adn. Certaines differences ont ete observees entre la proteine native et la proteine mutee etudiee par une equipe anglaise. D'abord, la forme en l est differente: pour la proteine native, le bras long est incurve, car la partie n-terminale etant plus proche de l'helice h3, les interactions entre h3 et le debut de l'helice h1 responsables de cette courbure sont plus importantes que dans le cas de la proteine mutee. Ces interactions pourraient stabiliser la forme de la molecule. Le bras court est egalement plus elargi pour la boite a native que pour la boite mutee. Ceci est du a l'encombrement sterique des cycles de his 26, his 30 et phe 40 a l'interieur du bras court. La difference structurale constatee entre les boites a et b est localisee au niveau de la region n-terminale et de l'helice h1 considerees comme le site d'interaction n'ayant pas la meme forme, ce qui peut etre a l'origine d'une difference de mode d'interaction avec l'adn. La boite a qui se complexe preferentiellement avec l'adn cruciforme (croisement statique), tandis que la boite b et son extension avec la partie c-terminale se complexent avec l'adn sur-enroule (croisement dynamique). En conclusion, la rmn a permis d'etablir un modele de structure 3d de la boite a native de hmg1, de le comparer a la boite a mutee ainsi qu'a la boite b et de constituer ainsi une base pour des etudes ulterieures d'interaction avec l'adn


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Informations

  • Détails : 192 P.
  • Annexes : 282 REF.

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  • Accessible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1996
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