Etude de faibles identites de sequences dans les proteines globulaires : proposition d'une taxonomie des boucles et etablissement d'une relation entre sequence et structure

par JEAN-MARC KWASIGROCH

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de J. CHOMILIER.

Soutenue en 1996

à Paris 6 .

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  • Résumé

    Une banque de boucles de trois a huit acides amines de long a ete constituee. D'une analyse statistique des conformations, il ressort que les boucles sont constituees de deux parties: les residus extremes, en contact avec les structures secondaires que la boucle relie, et l'interieur. Les conformations des residus de bord sont correlees a la nature de la structure secondaire voisine. Par contre, les residus centraux adoptent des conformations non correlees d'un residu au suivant. Le fort pourcentage de conformations a#l, principalement dues aux glycines et decroissant avec la taille de la boucle, est necessaire pour induire la flexibilite qui permet aux boucles de remplir les contraintes geometriques de fermeture au niveau des flancs. Un algorithme d'agregation a permis de regrouper dans une meme famille les boucles de meme longueur presentant des similarites structurales. Dans chaque famille structurale, une signature en sequence et en conformation a ete deduite des que la frequence d'apparition d'un residu ou d'une conformation en une position est plus grande que celle due a une distribution equirepartie sur l'ensemble des familles a la meme position. Il s'agit ainsi de faire apparaitre des residus et des conformations typiques d'une famille et de relier sequence et structure dans les boucles. Une classification des familles est proposee qui repose sur deux parametres geometriques moyens a l'interieur de chaque famille. Celle-ci permet a la fois de separer les differentes longueurs de boucles, mais aussi les differentes familles d'une longueur donnee. Quelques applications de cette caracterisation sont proposees, qu'il s'agisse de l'etude des tripeptides comme marqueurs specifiques des boucles, la detection des structures secondaires, ou l'utilisation en modelisation moleculaire pour choisir la meilleure boucle en etant capable d'affecter a une boucle sa famille structurale avec comme seule information la sequence de la boucle


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Informations

  • Détails : 236 P.
  • Annexes : 93 REF.

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Consultable sur place dans l'établissement demandeur
  • Cote : T Paris 6 1996 218
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1996
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