Representations et manipulations informatiques des structures et de l'information chimique

par THIERRY LAIDBOEUR

Thèse de doctorat en Chimie

Sous la direction de CABROL-BASS.

Soutenue en 1996

à Nice .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    Le traitement de l'information chimique se distingue du traitement de l'information dans les autres disciplines par le fait qu'il est essentiel de pouvoir construire, representer et manipuler a l'aide d'outils informatiques les structures chimiques et les informations qui s'y rattachent: caracteristiques topologiques, proprietes moleculaires, activites biologiques ou proprietes sensorielles, donnees spectrales etc. Cette necessite depasse les problemes rencontres dans la gestion des bases de donnees classiques et se trouve au cur des applications les plus importantes de l'informatique chimique: elucidation structurale, synthese assistee par ordinateur, etudes des relations structure/propriete ou structure/activite. Les noms systematiques iupac etant mal adaptes aux traitements automatiques sur ordinateur, nous nous sommes interesses aux differents modes de representations des structures chimiques plus appropries pour ces types de traitements. La partie centrale de notre travail porte sur la topologie et le chromatisme des graphes moleculaires. Mais nous n'avons pas neglige pour autant la stereochimie et les methodes que nous avons developpees nous permettent meme de traiter certains problemes geometriques. Ce faisant nous avons defini le concept de graphe moleculaire flou pour decrire des structures chimiques auxquelles s'applique un certain degre d'incertitude. Au cours de ce travail nous avons developpe un ensemble coherent d'outils qui permettent: la saisie et le stockage des structures chimiques, leur verification, l'interconversion des differents formats de fichiers de structure, le calcul, le stockage et la restitution des informations liees a la structure, la perception de proprietes moleculaires (ensemble de cycles, caractere aromatique, tautomerie, groupes fonctionnels, indices topologiques, equivalence de sites, symetries topologiques). Des solutions originales utilisant le langage prolog ont ete developpees. Ces outils, qui sont utilises quotidiennement par les autres chercheurs du laboratoire pour diverses applications (etude de relations sous-spectres/sous-structures, de relations structure-activite), ont ete rassembles dans un logiciel de gestion de l'information chimique particulierement ouvert. Ce systeme en proposant a la fois des outils d'archivage, de controle, de consultation et d'extraction d'informations, permet une exploitation souple et efficace de l'ensemble des informations relatives a une collection de molecules disponibles au laboratoire


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Informations

  • Détails : 245 P.
  • Annexes : 231 REF.

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