Persistance du génome d'entérovirus et des bactériophages de Bacteroides fragilis dans les eaux : intérêt de ces marqueurs en tant qu'indicateurs de contamination virale

par Christophe Gantzer

Thèse de doctorat en Chimie et microbiologie de l'eau

Sous la direction de Louis Schwartzbrod et de Armand Maul.

Soutenue en 1996

à Nancy 1 .


  • Résumé

    Au début des années 1990, quelques voix se sont élevées dans la communauté scientifique, en particulier parmi les spécialistes de biologie moléculaire préconisant l'utilisation de la PCR pour le diagnostic virologique du milieu hydrique. Certains postulaient que la détection du génome viral dans une eau, une boue ou un coquillage pouvait apporter la preuve que ce milieu était contaminé par le virus infectieux correspondant. D'autres affirmaient au contraire qu'une «PCR positive» ne pouvait en aucun cas indiquer la présence de virus infectieux, tout au plus pouvait-elle servir de témoin de contamination virale. La présence de génome viral est-elle le témoin d'une présence de virus infectieux ou simplement un témoin d'une contamination virale plus ou moins ancienne ? L'objectif de ce travail est d'apporter des éléments de réponses à cette interrogation et dans ce cadre, nous avons considéré qu'il était fondamental de comparer le comportement du génome et du virus infectieux. Dans le milieu hydrique. En effet, pour que la présence de génome puisse témoigner de celle de virus infectieux, il semble nécessaire que la capacité de survie de ces 2 entités soit identique. La première partie réalisée en milieu hydrique artificiellement contaminé par du coxsackievirus B3 et du bactériophage de Bacteroides fragilis montre que : - une incubation à forte température (> 55°C) se traduit par l'inactivation rapide du virus infectieux, alors que le génome reste présent jusqu'à des températures de 95°C ; - en milieu PBS à 25°C, la survie du génome est deux fois supérieure à celle du virus infectieux et du phage de Bacteroides fragilis. La présence de Na-montmorillonite augmente la persistance du génome d'un facteur 2, alors qu'elle n'augmente celle du virus infectieux que de quelques jours ; - en eau d'adduction (chlore résiduel 0,08 rng. L-1), la persistance du génome est là encore supérieure d'un facteur 2 à celle du virus infectieux, mais est comparable à celle du phage de Bacteroides fragilis. Cependant contrairement au phage, le génome et le virus infectieux sont sensibles aux faibles doses de chlore résiduel ; - en eau de forage, la persistance du génome est équivalente à celle du virus infectieux, alors que le phage survit 2 fois plus longtemps. En milieu PBS et en eau d'adduction, le génome ne constitue qu'un indicateur de contamination virale au même titre que le phage de Bacteroides fragilis. Cependant, il semble qu'en eau de forage la détection de génome peut témoigner de la présence de virus infectieux. La deuxième partie consiste à rechercher le génome d' entérovirus, les phages de Bacteroides fragilis et les coliphages somatiques comparativement aux entérovirus infectieux dans des eaux usées traitées de qualité différente. Les résultats montrent que : - la détection d'entérovirus infectieux, de génome d'entérovirus et de phage de Bacteroides fragilis doit s'effectuer après concentration des eaux usées traitées ; - la densité en coliphage somatique est suffisante pour l'analyse directe des eaux ; - la détection de génome entéroviral ne constitue qu'un indicateur de contamination virale ; - les phages de Bacteroides fragilis semblent constituer le meilleur indicateur de présence d'entérovirus contrairement aux coliphages qui ne sont que des indicateurs d'efficacité de traitement. Le génome entéroviral qui présente une fréquence de détection analogue à celle des phages des Bacteroides fragilis semble lui aussi constituer un bon indicateur de contamination entérovirale.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (224 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 193-213

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